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Susan R. McCouch & CGSNL (Committee on Gene Symbolization,
Nomenclature and Linkage, Rice Genetics Cooperative), 2008, Gene Nomenclature System for Rice, Rice, 1(1):72-84 (doi:10.1007/s12284-008-9004-9)
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取代，例如，
Os05te0000300
。既然目前大多数的
TE
注释是基于电子预测和计算分析，在
RAP1
的会
议上决定这个系统在晚期实施。也建议
TE
的命名系
统在实施前征询专家的建议。然而，如果一个
TE
被
证明包含一个功能基因，将被分配给一个前边描述
的基因座位的标识符。
6
基因名称和符号的登记注册
为支持登记注册过程，一个基于网络的基因登
记和命名法网站被建立了
http://shigen.lab.nig.ac.jp/
rice/oryzabase_submission/gene_nomenclature
。
CGSNL
中的小组委员会将依据基因是否通过序列和表型鉴
定，来负责处理登录注册请求。水稻人员被鼓励使
用这个网站注册基因和感兴趣的等位基因。
CGSNL
将给予功能特征基因优先权，也会为了处理一个新
请求，而要求提供实验证据。核准的基因名和符号
在核准后立刻释放出来。尽管这套命名法系统将会
对来自栽培水稻
(O. sativa)
的基因进行分类，
CGSNL
也将会尽一切努力来管理非栽培水稻的其他水稻
的基因命名法，水稻界并鼓励使用相同的基因注册
网站注册登记来自非栽培水稻的基因。
6.1
登记注册过程
下列类型信息应该在注册登记一个新基因的
时间提交：
(1)
有关这个基因特征的描述信息，包括但不限
制其分子功能，在生物过程中的作用，在亚细胞中
的定位，在特定植物组织和生长期的表达和其表型
效应；
(2)
遗传性和等位性数据；
(3)
来源种质
(
属
,
种
,
原种
/
品种
/
登录
ID/
种质
库
)
。如果来自一个杂交登录号，提供其亲本的种质
信息；
(4)
染色体和图谱定位；
(5)
序列数据和基因模型
(
内含子
/
外显子结构
,
启动子等
)
；
(6)GenBank
登录号和
/
或至少来一个水稻基因
组注释计划的座位
ID (
如果有的话
)
(7)
蛋白质
/
基因家族的关系；
(8)
支持材料包括突变表型的照片，
RNA
和
/
或
蛋白表达数据，酶活性检测，序列匹配等。
提交的注册条目将通过电子递交的方式通过
基因注册网站
OryzaBase
数据库
(http://shigen.lab.nig.
ac.jp/rice/oryzabase_submission/gene_nomenclature)
送到
CGSNL
的召集人。在检查提交的信息后，决定
一个基因是否是新的，并考虑命名规则，随后召集
人通知提交者来验证新的基因全称和符号。审核通
过后，注册基因将被分配给一个合适的基因名全称
和基因符号。这必须在注释数据库和文献中报明。
基因登记数据库将提高一个在线可下载的有关注
册基因的列表，如果有的话，包括了批准的基因名、
符号、同义名、注释数据库中定位的系统座位
IDs
和相关联的
GenBank
登录号
(
表
2)
。召集人必须与其
他数据库和
RGC
成员沟通，以保证新的基因名和符
号可以包括在
OryzaBase (http://www.shigen.nig.ac.jp
/rice/oryzabase/top/top.jsp)
、
Gramene (http://www.
gramene.org)
、
IRIS (http://www.iris.irri. org)
、
RAP
(http://rapdb.lab.nig.ac.jp)
、
TIGR (http://www.tigr.
org/tdb/e2k1/osa1)
和其他相关数据库和网站的基因
/
等位基因名单中出现。一个描述所有新批准基因
/
等
位基因的研究备忘录在在
Rice Genetics Newsletter
(http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/rgn/newsl
etter.jsp)
中每半年出版一次。
6.2
增补修订
对 这些 规则 增补的 修订 建议 可 以 通 过
OryzaBase
网站
http://shigen.lab.nig.ac.jp/rice/oryzabase
_submission/gene_nomenclature
的在线“建议”向
CGSNL
提交。增补修订将在期刊
RICE
、
Rice
Genetics Newsletter
中和
OryzaBase
、
Gramene
、
IRIS
数据库和
rice-e-net
电子邮箱列表
(http://chanko.lab.
nig.ac.jp/list-touroku/rice-e-net-touroku.html)
公布。用
户可以通 过向
genenomenclature@chanko.lab.nig.
ac.jp
发送邮件取得联系。
7
讨论
实验证明功能的基因
(
已知功能的基因
)
和仅仅
依据序列分析预测的基因
(
基因模型
)
是不同的，为
此水稻界在两种不同基因结构
/
功能分析方法之间
通过一个灵活的严谨的系统建起了桥梁。为水稻中
的每一个基因提供功能性描述是长期目标，最终每
个基因模型
(
座位
ID)
应该和一个基因名关联。然而，
随着测序成本的迅速降低和公共领域水稻测序基
因组数目的快速增加，我们对水稻中基因库的理解