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Susan R. McCouch & CGSNL (Committee on Gene Symbolization,
Nomenclature and Linkage, Rice Genetics Cooperative), 2008, Gene Nomenclature System for Rice, Rice, 1(1):72-84 (doi:10.1007/s12284-008-9004-9)
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白符号应该一直和采纳的基因符号保持一致，除了
蛋白符号全部大写不用斜体，紧接一个空格和数字
的座位标识符。例如，
GLUTINOUS ENDOSPERM
1 (WX1)
基因编码谷粒表面淀粉合成酶
(EC:2.4.1.11)
。
蛋白名是
GLUT-INOUS ENDOSPERM 1
和符号
“
WX1
”。蛋白名‘
WAXY
’、‘
WAXY 1
’和
GRANULE-BOUND STARCH SYNTHASE (GBSS)
将被当作同义名记录。如果一个名称不能基于表
型、已知生化或其他实验证据支持其他功能而得到
分配，一个系统座位标识符
(
上述
)
和一个和表
1
描述
一致的名称必须用来描述这个基因，直到其功能得
到确认。
3.5
转录后修饰
当存在转录后修饰时，如蛋白质剪接导致两个
或更多具有不同活性或功能的蛋白质分子的形成，
剪接蛋白分子将获得和它们分子功能或关联表型
一致的蛋白质名称和符号，初始分子的名称和符号
作为同义名。
3.6
假基因
分子技术鉴定了和结构基因序列十分相似的
相同序列，但不被转录，这些序列称为假基因。为
了表明这些假基因和功能基因的相关性，假基因将
被使用和结构
/
功能基因相同的基因符号，名称斜体
表示，后边加上字母“
.P
”
(
符号“
.
”和大写字母“
P
”
)
。
这将取代通常使用的希腊符号“
psi
”作为假基因的
标记；一个例子是
RPS14.P
取代
RPS14. psi
作为假核
糖体蛋白
S14
的符号。同样的命名法建议用于线粒
体和质体
(
叶绿体
)
基因组的假基因，例子就是
ACTB.P1 (ACTIN BETA PSEUDOGENE 1)
、
ACTB.P2 (ACTIN BETA PSEUDOGENE 2)
等。假基
因可能在不同的染色体上或者和功能基因紧密靠
近，据此得到它们的名称并存在变化的编号。从命
名法的角度来看，一个假基因就是一个没有功能的
基因
(http:// pseudogene.org/main.html.)
。如果一个假
基因以后被证明可以转录并调控另外一个基因的
表达或转录的
mRNA
具有一定功能，这个基因必须
重新划归另一个基因类别如
fnRNA
或
potogene
(Brosius and Gould, 1992)
。
3.7
未定位基因
由于一个物种中固有的遗传变异性，来自某一
种质的一个基因有可能在水稻两个已测序全基因
组中，由于插入
/
缺失多态性和基因家族的扩增
/
收
缩而不能定位。同样，在分离群体中通过表型鉴定
出的一个基因也可能不存在于两个双亲的基因组
中。在这种情况下，即使没有定位信息，基因名称
和符号也应该分配给这些等位基因变异体。当给一
个未定位座位分配基因名称时，必须有有效的实验
证据支持这个基因和其功能的存在。如有一个确认
相似未定位测序基因第二审存在的话，最好的相互
匹配的方法应该是更加严格的确认是否事实上它
和先前鉴定的基因是同样的。在二审表现型确认基
因存在的情况下，等位性或互补试验作为必需证据
被考虑进去。如有任何这些证据的缺失，这个基因
就将被分配一个新的基因名称和符号。同时，唯一
标识符将被分配给
CGSNL
登记的这个基因，如果有
Genbank
登录号存在的话，将作为占位符。
3.8
数量性状遗传座位
(QTL)
QTLs
座位基因的位置标识符对基因组功能特
征有贡献。一个
QTL
代表一个统计学上的可测表
型，概括来说就是一个数量遗传性状。通过分离群
体的连锁遗传作图鉴定的
QTLs
，每一个
QTL
被定义
为至少通过两个紧密连锁的定位遗传标记限定的
染色体上特定区间。
水稻
QTL
命名法规则
(McCouch et al., 1997)
指
出，每一个
QTL
名称都要以小写斜体字母“
q
”来
表明是其是一个
QTL
，紧跟着就是
2
到
5
个字母的标
准“性状名称”
(
如
, SW
标示粒宽
)
，一个数字表明
其所在的水稻染色体
(1
-
12)
，一个“
.
”和一个区别
于其他在同一个染色体上的单个
QTLs
的唯一标识
符
(
例如
, qSW5.1)
当
QTLs
进入一个基因组数据库例
如
Gramene (Jaiswal et al., 2006)
，它们将被分配给一
个来自与性状主体的标准性状术语
(TO;
例如
,
籽
粒宽度
,
登录号
#TO: 0000140) (Jaiswal et al., 2002)
来方便查询，也许可能分配一个新的唯一标识符来
避免研究中间的混乱。在任何情况下，这个数据库
赋值将作为这个
QTL
记录中的一个同义名，原始的
文献中的
QTL
名称将为检索的目的而得到保留。
当这些负责具体表型变异的
QTL
就是这些基
因，并且第一次基于对应的
QTL
而被鉴别出来时，
基因名称全称可以反映
QTL
的标示
(
除了除掉前缀
‘
q
’外
,
还要使用斜体
(
例如
, SW5))
；然而，如果