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Susan R. McCouch & CGSNL (Committee on Gene Symbolization,
Nomenclature and Linkage, Rice Genetics Cooperative), 2008, Gene Nomenclature System for Rice, Rice, 1(1):72-84 (doi:10.1007/s12284-008-9004-9)
1023
基因组测序努力为基础在基因鉴定取得的进展，那
些仅仅在单倍体细胞
(
即花粉或卵
)
中表达基因，一
个等位基因的显性或隐性或一个座位的变异体，也
许就是未知的或无关紧要的。然而，在调查基因功
能的时候，一个等位基因的显
/
隐性对遗传研究来说
依然是十分重要的。因此，为出版的目的，建议每
一个特定的种质资源被描述的地方，隐性等位基因
都使用小写字母，显性等位基因第一个字母大写，
其他全部小写，这两种情况下所有字母都是斜体
(
如
先前的约定
;
表
3)
。但正式的
(
全称
)
基因名称所有字
母需大写，特定等位基因的显隐性表型将作为这个
等位基因的属性，而不是在数据库中基因名称的一
部分被记录。
表
3
在文献中基因名全称和符号使用的例子
Table 3 Example of a Gene Full Name and Symbol for Use in
Publications
类型
Type
基因全称
Gene Full name
基因符号
Gene Symbol
座位
/
基因
Locus/gene
NARROW LEAF 1
NAL1
隐性等位基因
Recessive allele
narrow leaf 1
-
1
nal1
-
1
显性等位基因
Dominant allele
Narrow leaf 1
-
2
Nal1
-
2
序列变异体
1
Sequence variant 1
NARROW LEAF 1
-
s1 NAL1
-
s1
序列变异体
2
Sequence variant 2
NARROW LEAF 1
-
s2 NAL1
-
s2
注
:
基因名全称和符号将斜体大写
,
显性等位基因第一个字
母大写斜体
,
后边全部小写并斜体
;
隐性等位基因全部小写
并全部斜体
Note: The gene full name and symbol will be written in italics
and all caps; Dominant alleles begin with an upper case first
letter followed by lower case letters and recessive alleles are
indicated with all lower case letters and all in italics
3.3
序列变异体
考虑到一个基因就是一段具有已知或预测功
能或表型的
DNA
片段，一旦一个基因通过一个系统
座位
ID
被命名并定位到一个序列图谱上，它就可以
被一群定位在同一个遗传座位的等位基因和序列
变异体表示。在不同植物材料中仅仅通过序列鉴定
的分子序列变异体将被赋予一个名称、符号和登录
标识码，有关这个序列变异体的相关信息将交叉参
考形成有关这个种质资源
(
包括对应的种质登记
ID)
的特定信息，从这些种质中
DNA/RNA
材料被提取。
然而，序列变异体将不会被
CGSNL
认为是“等位基
因”，除非它们具有分子功能或有描述的表型，并
且经过等位性试验的证明。那些特定功能未知的
“序列变异体”将通过添加给一个等位基因名后缀
“
-sX
”来区分“等位基因”，“
s
”表示“已测序”，
“
X
”是鉴别一个特定序列变异体的编码。一个分
子变异体的名称和符号获得一个对应基因的名称
和符号，这和一个等位基因的约定相似，除了其带
后缀的描述，并且由于不能分配给这些测序变异体
等位表现而全部大写
(
表
3)
。
如果一个测序的变异体以后被证据并赋予一
个新的特定表型或功能，它将被分配给一个新的等
位基因标识符，或如果一个测序变异体被证明和一
个先前命名的等位基因对应一个已知基因相同，它
将被基于程序规则分配给一个存在的等位基因标
识符，原来其他标识符将作为同义名保留。一个推
荐的基因座位、全称和等位基因命名的例子在表
3
。
序列变异体鉴定相关的种质名和其登记号信息将
不会在正式的名称和符号中记录。这部分信息将单
独记录在数据库中，以方便遗传学界的交叉参考。
提交序列变异体的作者有责任来搜寻这个新的序
列形式是否和以前报告的序列变异体或等位基因
相同。在文献中，作者可以选择等位基因名、序列
变异体后缀和种质资源串联起来，避免对读者来说
过度的重复。
3.4
蛋白质名和符号
一个特定基因编码的蛋白，其名称在该基因名
称是基于表型或分子功能的情况下
(
参考“基因全
称”章节
)
，应该和这个基因的全称保持一致，但蛋
白的名称将全部大写并且不需要斜体。如果在后期
阶段，一个基因和它对应的蛋白产物被证明有一个
生化分子功能，如是一个酶或一个大分子复合物的
结构组成部分
(
亚基
)
，这个蛋白应该按照
IUPAC
酶学
委员会建议的酶命名法或
IUBMB
的大分子命名法分
配一个同义名
(Committees Biochemical Nomenclature,
2006)
。对于一个特定的蛋白来说可能会有多个功能
分配
(
即
,
基于表型试验
,
生化分析或分子功能
)
，因
此一个蛋白名会有几个异名
(
和基因名全称相似
)
。蛋