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Susan R. McCouch & CGSNL (Committee on Gene Symbolization,
Nomenclature and Linkage, Rice Genetics Cooperative), 2008, Gene Nomenclature System for Rice, Rice, 1(1):72-84 (doi:10.1007/s12284-008-9004-9)
1021
图
1
基因赋予全称的图示
"
基因
"
是指水稻的全套基因
注
:
“测序基因”可能来自有一个完全测序的基因组或者其他核酸序列数据库集。“已知功能或表型的测序基因”这一亚类
会赋予基因名。“已知基因功能和表型
,
但没有序列”的基因
,
参考没有序列信息的基因
,
但将基于其功能和表型赋予基因名，
这些基因通常定位在遗传图谱或物理图谱上。“未知功能和表型的测序基因”
(
包括预测基因
,
有全长
cDNA
序列的基因等
),
因
为其没有实验证据证明其功能，不会被赋予基因名。然而
,
不同的水稻基因组注释计划提供的系统座位
IDs
将是作为这些基
因名称的位置标志符存在
,
直到这些基因被评估归入已知功能测序基因类别
,
此时这些基因将被分配给基因名和基因符号
Figure 1 Schematic representation of genes receiving full names
Note: “Genes” refers to the set of all genes in rice; “Sequenced genes” may be from a completely sequenced genome or other nucleotide
sequence data sets. The subset of
“
sequenced genes of known function/phenotype
”
receives a gene name; Genes with
“
known
function/phenotype, but without sequence
”
refers to genes that have no sequence information but do receive a gene name (based on their
function/phenotype); often these are mapped on a genetic or physical map;
“
Sequenced genes of unknown function/phenotype
”
(this
includes predicted genes, genes with full-length cDNA support, etc.) do not receive a name because they do not have experimental evidence
supporting their function; However, various rice genome annotation projects provide systematic_locus_IDs that will serve as placeholders for
names of these genes until they can be elevated into the category of sequenced genes of known function, at which time they will be assigned
a gene name and a gene symbol
含一个串联的基因家族
(
例如
,
XANTHOMONAS
ORYZAE PV. ORYZAE RESISTANCE 21, XA21
,
或者
SUBMERGENCE 1
,
SUB1
)
的情况下，这个串联排列
基因家族中的每个基因都会被分配给一个独立的
座位标识符
(
即
SUB1
,
SUB2
,
SUB3
等
)
。
如有一个基因是通过序列信息得到验证的，这
个基因在后边被证明和一个基于表型验证的基因
相同
(
如
Kinoshita
(1986)
列出的那些
)
，那么这个基因
全称和规则的施用将基于表型，赋予其他名称作为
同义名。如果不同的基因使用同样的名或同一个基
因使用不同名称造成重复、冗余或混淆，第一个公
开出版的基因名将被保留，
CSGNL
将和出版发布
这个基因的作者联系，赋予这个基因一个新的基因
名和基因符号来用于以后对这个基因或座位的使
用。质体和叶绿体基因组中鉴定的基因将按照
Uniprot
描述的那样分配名称和符号，线粒体基因组
中的基因将按照推荐的规则分配名称和符号
(http://ca.expasy.org/cgi-bin/lists?plastid.txt)
。
基因的名称是基于实验验证的基因功能或表
型效应来分配的。实验证据也许表明了一个分子功
能、生物途径中的作用，与另一个基因的相互作用，
或与这个基因有联系的表型
(
。那些基于计算机
验证的与同源物、直系同源物、旁系同源物、或一
个保守区域如
Interpro
结构域
(
Mulder
et al., 2005)
的
序列相似性的基因，只有在有充分的实验证据确认
基因功能时才会分配给基因名。
2004
年
11
月在日本