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Susan R. McCouch & CGSNL (Committee on Gene Symbolization,
Nomenclature and Linkage, Rice Genetics Cooperative), 2008, Gene Nomenclature System for Rice, Rice, 1(1):72-84 (doi:10.1007/s12284-008-9004-9)
1020
表
2
SD1
基因的例子及其相关信息
Table 2 Example of the
SD1
Gene and Its Associations
物种
Species
Oryza sativa
基因符号
Gene symbol
SD1
基因名称
Gene name
SEMIDWARF 1
基因同义物
Gene synonym(s)
dee-geo-woo-gen dwarf, d49, d47, green revolution gene, C20OX2, GA C20oxidase2, GA20 oxidase,
Gibberellin-20 oxidase
图谱位置
Map location
序列图谱
Sequence maps
RAP
数据库
(
版本
#4)
RAPdb (build #4)
Os01g0883800 (
O. sativa
ssp. ssp. japonica cv. Nipponbare)
TIGR_osa1(
版本
#4)
TIGR_osa1 (build #4)
LOC_Os01g66100 (
O. sativa
ssp. japonica cv. Nipponbare)
BGI_RIS
OsIBCD004089 (
O. sativa
ssp. indica cv. 93–11)
遗传图谱
Genetic maps
JRGP RFLP map: sd1, linkage group
-
1, 149.1–151 cM
水稻形态图谱
sd1, linkage group
-
1, 73 cM
Rice morphological map: sd1, linkage group-1, 73 cM
引用
Citation
PMID: 12077303, 11961544, 11939564, etc.
GenBank
登录号
GenBank accession number
AB077025, AF465255, AF465256, AY114310, U50333
Uniprot
登录号
Uniprot accession number
Q8RVF5, Q8S492, Q0JH50, Q2Z294
提出的约定为基础，水稻的
12
条核染色体赋予了阿
拉伯数字，连锁群与染色体建立了对应关系，并得
到命名。为方便数据库建设的目的，每个染色体被
赋予了
01
到
12
的一个两位数字符，但
1
到
9
的单位数
字经常在出版物中出现。断臂和长臂分别标示为
“S”
和
“L” (
例如
: 1S, 1L)
，因此
chr.1S
和
chr.1L
或
Chr.2S
和
Chr.2L
的缩写是被接受的。尽管由于当时
评估染色体大学和臂比技术的准确性不够，染色体
和染色体臂命名的约定目前公认有不一致性，但本
次并没有对存在的染色体命名法提供修订建议。环
状的线粒体或质体和叶绿体染色体分别分配了英
文符号
“Mt”
和
“Pt”
，而没有使用类似核染色体中的
阿拉伯数字。这些不具有着丝粒的染色体将不被指
定短臂或长臂。这些染色体可以缩写为
chr.Pt
或
Chr.Mt
。
2.2
基因全称
一个基因全名包括了基因名和这个基因座的标识符
编号。基因名全称所有字母大写斜体，在名称和座
位编号之间有一个空格
(
即
,
SHATTERING 1
)
。这个基
因名应该简要的描述与基因产物的生化功能或由于
突变或基因的等位基因形式所呈现出的表型所关联
的显著特征。基因座位编号由
1
到
3
位数的数字组
成，用来区分一个特定基因座位上的基因与其他座
位上基因的具有相似的功能和表型。座位标志符使
用的数字表明一个特定基因或基因家族的被鉴定
的次序，不应该和系统座位
ID
或其所在的染色体
/
连锁群混淆。默认的情况是，任何基因名如何没有
一个座位标志符，就代表这个基因是第一被鉴定的
此类基因，将分配给座位标志符
“1”
，例如，
PURPLE
NODE
就被标示为
PURPLE NODE 1
。基因全称的
写法是全部大写、斜体，这和先前的规则：基因全
称第一个字母大写代表第一个等位基因显性，小写
代表隐性；其他所有的其他字母小写、斜体。有关
此的更多内容，请参考
章节。
当一个表型定位到一个复杂座位，这个座位包