分子植物育种
(
网络版
), 2016
年
,
第
14
卷
,
第
1029
-
1034
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2016, Vol.14, 1029
-
1034
Copyright © 2016 BioPublisher 1029
技术主题
Technology Feature
SSR
数据格式转换软件
DataFormater
樊文强
1,2
,
盖红梅
3
,
孙鑫
1,2
,
杨爱国
1
,
张忠锋
1
,
任民
1
1.
中国农业科学院烟草研究所
,
烟草遗传改良与生物技术重点开放实验室
,
青岛
, 266101
2.
中国农业科学院研究生院
,
北京
, 100081
3.
青岛市农业科学研究院
,
青岛
, 266100
通讯作者
,
;
作者
分子植物育种
, 2016
年
,
第
14
卷
,
第
5
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2016.14.0005
这是一篇采用
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引用格式
(
中文
)
：
樊文强等
, 2016, SSR
数据格式转换软件
DataFormater,
分子植物育种
(online), 14(5): 1029-1034 (doi: 10.5376/mpb.cn.2016.14.0005)
引用格式
(
英文
)
：
Fan et al., 2016,
DataFormater, A Software for SSR Data Formatting to Develop Population Genetics Analysis, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular
Plant Breeding), 14(5): 1029-1034 (doi: 10.5376/mpb.cn.2016.14.0005)
摘
要
随着分子群体遗传学的快速发展和
SSR
标记的广泛应用，一些分子群体遗传学分析软件相继问世。但是不同软件
的
SSR
数据输入文件格式并不一致，人工转换费时费力，且易出错。因此，本研究利用
Python
高级计算机语言开发了
SSR
分子标记数据格式转换软件
DataFormater
。该软件具有友好的图形用户界面，能高效准确的把
SSR
原始数据快速转换为
Popgene
、
Ntsys
、
PowerMarker
、
Structure
、
Tassel
、
SPAGeDi
等常用分子群体遗传学分析软件的输入文件，同时还具过滤稀
有等位、过滤无多态位点、用户数据校验等功能。与人工转换相比，
DataFormater
可大大提高转换的效率和准确性。因此，
DataFormater
将是分子群体遗传学研究中不可或缺的工具软件。现在用户可以通过
DataFormater
软件的主页进行下载，网址
为：
/
，或通过电子邮件
索取该软件。
关键词
分析分子群体遗传学
,
分子标记
, SSR,
数据格式
,
软件
, Python
计算机语言
DataFormater, A Software for SSR Data Formatting to Develop
Population Genetics Analysis
Fan Wenqiang
1,2
, Ge Hongmei
3
, Sun Xin
1,2
, Yang Aiguo
1
, Zhang Zhongfeng
1
, Ren Min
1
1 Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology, Tobacco Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Qingdao
266101
2 Post Graduate School, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081
3 Qingdao Academy of Agricultural Sciences, Qingdao, 266100
Corresponding author,
;
Authors
Abstract
With the rapid development of molecular population genetics and the widespread application of SSR marker, much
molecular population genetics software appears, consecutively. However, the format of SSR data for different genetics software is not
the same. Manual data transform for different genetic software would take long time and would always make mistakes. Therefore,
the software DataFormater was developed with Python language for SSR data formatting to different population genetics software.
The software has a friendly graphical user interface, and can transform original SSR data into the input file for Popgene, Ntsys,
PowerMarker, Structure, Tassel and SPAGeDi. Meanwhile, it can filter rare alleles and monomorphic loci, and validate users’ original
data. Compared with artificial way, the software DataFormater can improve the efficiency and accuracy of data formatter
significantly. So that it’s a necessary tool in the study of molecular population genetics. Now, the user can download DataFormater
conveniently through
/ or email
.
Keywords
Molecular population genetics; Molecular marker; Simple sequence repeats; Data format; Software; Python language
研究背景
分子群体遗传学是指动植物进化生物学、种质
资源、遗传育种和关联作图等基础理论学科，它由
Kimura
于
1971
年首次提出，此后
Kreitman (1983)
在黑腹果蝇中开展了基于
DNA
序列变异检测手段
的实验分子群体遗传学研究。微卫星
DNA
又叫简
收稿日期：
2016
年
02
月
29
日
接受日期：
2016
年
03
月
02
日
发表日期：
2016
年
03
月
07
日
基 金 项 目 ： 本 研 究 由 烟 草 基 因 组 计 划 重 大 专 项
(110201301008)
、国家自然科学青年基金
(31301320)
和作物
生物学国家重点实验室开放课题
(2013KF12)
共同资助
