分子植物育种
(
网络版
), 2016
年
,
第
14
卷
,
第
1072-1079
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2016, Vol.14, 1072-1079
Copyright © 2016 BioPublisher 1077
表
1
材料来源及
Chs
基因序列登录号
Table 1 Geographical origin of the
Brassica rapa
accessions and Genebank number of
Chs
sequences
编号 材料名称
染色体倍型 拉丁名
材料来源
Genbank
登录号
No.
Name
Chromosome Latin name
Source
Accession No.
1
雅安白菜
(
白菜
)
AA
B. rapa
var.
pekinensis
四川省雅安市
KP301145
Yaan Cabbage
Yaan, Sichuan
2
山东白菜
(
白菜
)
AA
B. rapa
var.
pekinensis
山东省济南市
KP301146
Shandong Cabbage
Shandong, Jinan
3
重庆白菜
(
白菜
)
AA
B. rapa
var.
pekinensis
重庆市渝北区
KP301147
Chongqing Cabbage
Yubei, Chongqing
4
紫菜苔
(
菜薹
)
AA
B. rapa
var.
purpuraria
四川省雅安市
KP301148
Purple Caitai
Yaan, Sichuan
5
塌棵菜
AA
B. rapa
var.
narinosa
四川省雅安市
KP301149
Takecai
Yaan, Sichuan
6
青菜
AA
B. rapa
var.
chinensis
四川省西昌市
KP301150
Qingcai
Xichang, Sichuan
7
广西菜心
AA
B. rapa
var.
parachinensis
广西省桂林市
KP301151
Guangxi Caixin
Guilin, Guangxi
8
芜菁
AA
B. rapa
var.
rapa
四川省雅安市
KP301152
Wuqing
Yaan, Sichuan
9
雅安黄油菜
(
白菜型油菜
)
AA
B. rapa
var.
oleifera
四川省雅安市
KP301153
Yaan huangyoucai
Yaan, Sichuan, China
10
伊犁野生油菜
AA
B. rapa
var.
sinapis arvensis
新疆省伊犁市
KP301155
Yili yueyoucai
Yili, Xinjiang
11
涪陵野生油菜
(
芸薹
)
AA
B. rapa
var.
oleifera
重庆市涪陵区
KP301156
Fuling wild rape
Fuling, Chongqing
12
黑芥
BB
B. nigra
新疆省伊犁市
KP301157
Heijie
Yili, Xinjiang
13
山东甘蓝
(
甘蓝
)
CC
B. oleracea
var.
capitata
山东省济南市
KP301158
Shandong Ganlan
Shandong, Jinan
14
雅安花椰菜
CC
B. oleracea
var.
botrytis
四川省雅安市
KP301162
Yaan Cauliflower
Yaan, Sichuan
15
涪陵区红心萝卜
RR
Raphanus sativus
重庆市涪陵区
KP301240
Fulinghongxinluobo
Fuling, Chongqing
16
胭脂萝卜
RR
Raphanus sativus
重庆市丰都县
KP301241
3.4
数据分析
利用
ClustalX(2.0)
对白菜类蔬菜
Chs
基因序列
进行多重排定和手工校正
(Thompson et al., 1997)
，
将获得的序列上传至
NCBI
网站，获得白菜类蔬菜
的
Genebank
号
(
表
1)
。使用
DNAMAN
软件包
(version 6.0
；
Lynnon Biosoft)
进行序比对分析。采用
PAUP4.0b10(Swofford D L, Sinauer Associates,
)
软 件 中 的 最 大 似 然 法
(Maximum likelihood, ML)
构建系统发育树，利用
MrBayes3.1.2
软件分析进行模型和参数估计
(Huelsenbeck and Ronquist, 2001)
。采用系统网状重
建 法
(The phylogenetic network reconstruction
method)
分析种群单体型的系谱关系。首先利用
HyPhy
软件中的
GARD
方法分别检测
Chs
基因外显
子、内含子及外显子
+
内含子的重组信息，结果表
明
Chs
基因外显子为非重组
DNA
序列
(Log
