基本HTML版本
计算分子生物
(
网络版
), 2012
年
,
第
1
卷
,
第
1
-
6
页
Jisuan Fenzi Shengwu (Online), 2012, Vol.1, 1
-
6
http://cmb.5th.sophiapublisher.com
5
Scale
Scale
图
7
按
Jamesorr Wolf
方法预测的马宾灵
(Mabinlin ) A
Ⅱ
链及
B
链的抗原指数
Figure 7 The antigen index of Mabinlin protein A
Ⅱ
-chain and B-chain predicted with Jamesorr Wolf method
方法预测蛋白质的抗原指数时，抗原指数较高的区
段并不一定就是优势抗原表位区域。根据本研究的
分析预测结果，马宾灵
A
链的近
C-
端和中间区段
多形成较多的无规则卷曲结构，同时该区段的抗原
指数较高且其亲水性指数和蛋白表面可能性也比
较大，故该区段为优势抗原表位的可能性较大；虽
然
A
链的其它一些区段如
0~1
、
4~6
、
7~9
和
10~11
区段的抗原指数也较高，但是其亲水性和蛋白质表
面可能性指数偏低，综合分析这些区段作为抗原表
位的可能性不大。马宾灵
B
链的
N-
端和中间区段的
抗原指数较高，且亲水性指数和蛋白质蛋白表面可能性
也较大，故该区段为优势抗原表位的可能性较大。
3
材料与方法
3.1
马宾灵
(Mabinlin )
Ⅱ
的氨基酸序列
马宾灵
(Mabinlin )
Ⅱ
的
A
链与
B
链的氨基酸序
列分别通过
GeneBank
序列编号为
D83997.1
的马宾
灵
(Mabinlin ) mRNA
Ⅱ
序列推导，其
A
链含有
33
个氨基酸残基，其
B
链含有
72
个氨基酸残基。
3.2
马宾灵
(Mabinlin )
Ⅱ
的二级结构的预测
应用
DNA Star Protean
软件提供的模块分别对
马宾灵
(Mabinlin
Ⅱ
)
的
A
链和
B
链的氨基酸序列进
行分析，采用
Garnier-Robson
方法和
Chou-Fasman
方法预测马宾灵
(Mabinlin )
Ⅱ
的二级结构。
3.3
马宾灵
(Mabinlin )
Ⅱ
的可能抗原位点的预测
应用
DNA Star Protean
软件提供的模块分别对
马宾灵
(Mabinlin
Ⅱ
)
的
A
链和
B
链进行可能抗原位
点分析，采用
Karplus-Schulz
方法预测马宾灵
(Mabinlin
Ⅱ
)
的 蛋 白 质 骨 架 区 柔 韧 性 ， 采 用
Kyte-Doolittle
方法预测马宾灵
(Mabinlin
Ⅱ
)
的蛋白
质疏水性，采用
Emini
方法预测马宾灵
(Mabinlin
Ⅱ
)
的蛋白质表面可能性，采用
Jameson-Wolf
方法预测
马宾灵
(Mabinlin
Ⅱ
)
的
B
细胞抗原表位，最后综合
分析马宾灵
(Mabinlin
Ⅱ
)
的可能抗原位点。
作者贡献
姚晶负责该论文的设计、操作及文章的撰写；顾文亮
和夏启玉协助实验设计及数据分析；胡新文老师负责实验指
导；郭建春老师是本论文的通讯作者，负责整个论文数据分
析及文章撰写的整个过程
。
致谢
本研究由国家自然科学基金
(31060123)
和
2010
年海南
省研究生创新科研课题资助
参考文献
Fan C.S., 2001, Research on development and application of
sweet-tasting proteins, Shipin Yu Fajiao Gongye (Food and
Fermentation Industries), (12): 50-54 (
范长胜
, 2001,
甜蛋
白的开发与应用研究
,
食品与发酵工业
, (12): 50-54)
Gu W.L., Hu X.W., and Guo J.C., 2009a, Reorganization and
structure analysis of MBL II gene, Zhiwu Shenglixue
Tongxun (Plant Physiology Communications), 45(4):
333-339 (
顾文亮
,
胡新文
,
郭建春
, 2009a,
马槟榔甜蛋
白基因
(MBL II)
的剪切重组和结构分析
,
植物生理学通
讯
, 45(4): 333-339)
Gu W.L., Xia Q.Y., Hu X.W., and Guo J.C., 2009b, Expression
of recombinant mabinlin 1I in Escherichia coli induced by
IPTG, Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics
Antigenic Index-Jameson-Wolf
Antigenic Index-Jameson-Wolf