Basic HTML Version
张秀荣等
:
花生
Cu/Zn-SOD
基因
(
AhCSD1
)
克隆及品种间等位多态性分析
1076
图
2
花生
AhCSD1
核苷酸序列比对
注
: ---
标注一致序列
;
灰色阴影标注山花
9
号两条
AhCSD1
序列
SNP
位点
;
黑色阴影标注起始密码子
ATG
与终止密码子
TAG;
下划线标注外显子部分
;
内含子编号Ⅰ到Ⅶ
Figure 2 Alignment of nucleotide sequences of
AhCSD1
from peanut
Note: ---indicated the consensus sequence; SNP sites between
gShCSD1-1
and
gShCSD1-2
were shaded by gray; the initiation codon
ATG and termination codon TAG were shaded by dark; extrons were underlined; the numbers (
Ⅰ
to
Ⅶ
) were the name of introns
图
3
山花
9
号两条
AhCSD1
部分核苷酸序列比对
注
:
黑色阴影标注
Xmn
Ⅰ
(A)
、
Bam
H
Ⅰ
(B)
与
Spe
Ⅰ
(C)
可识
别的核苷酸序列
;
灰色阴影标注
Xmn
Ⅰ
(A)
、
Bam
H
Ⅰ
(B)
与
Spe
Ⅰ
(C)
不能识别的核苷酸序列
Figure 3 Alignment of partial nucleotide sequences of
AhCSD1
from Shanhua 9
Note: The recognition sites of
Xmn
Ⅰ
(A),
Bam
H
Ⅰ
(B), and
Spe
Ⅰ
(C) were shaded by dark; the unrecognized nucleotides of
Xmn
Ⅰ
(A),
Bam
H
Ⅰ
(B), and
Spe
Ⅰ
(C) were shaded by gray
通过
NCBI
的
protein blast
功能，
CD-Search
工
具进行蛋白质保守结构域分析，结果表明
ShCSD1
具有典型
Cu/Zn
离子结合位点，属于
Cu/Zn-SOD
家
族。植物
Cu/Zn-SOD
是同型二聚体，每个亚基均结
合有一个铜离子
(Cu
2+
)
和一个锌离子
(Zn
2+
)
构成酶活
性中心。经分析
ShCSD1
的
Cu
2+
结合位点为
His45
、
His47
、
His62
和
His130
；
Zn
2+
结合位点为
His62
、
His70
、
His79
和
Asp82
；并存在
Cys56
和
Cys145
形
成分子内二硫键共同维持空间结构
(
图
4)
。
1.3
不同基因型花生
AhCSD1
遗传多态性分析
1.3.1
四个栽培品种
AhCSD1
等位差异及氨基酸序
列分析
对
4
个栽培品种
AhCSD1
基因
cDNA
序列分
析结果表明各品种
AhCSD1
两条
cDNA
序列长度
均为
550 bp
；其中
rShCSD1-2
、
rIgCSD1-2
、
rNdCSD1-2
和
rLpCSD1-2
序 列 完 全 一 致 ；
rShCSD1-1
、
rIgCSD1-1
、
rNdCSD1-1
和
rLpCSD1-1
序列同源性
99.68%
，存在
6
个
SNP
，且均位于编
码区
(
表
2)
。由于密码子的简并性，第
368 bp
、第
386 bp
、第
485 bp
处变异未引起
4
个品种对应氨基
酸序列
ShCSD1-1
、
IgCSD1-1
、
NdCSD1-1
和
LpCSD1-1
的变化，为同义突变；第
219 bp
、
274 bp
、
489 bp
处变异分别导致品种间第
53
、第
75
、第
147
位氨基酸变化
(
图
4)
。