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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1338
-
1345
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1338
-
1345
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1338
研究报告
Research Report
广东割手密
SSR
遗传多样性分析
樊丽娜
,
李昱
,
罗青文
,
劳方业
,
王勤南
,
何慧怡
,
陈月桂
,
邓海华
,
李奇伟
,
齐永文
广州甘蔗糖业研究所
,
广东省甘蔗改良与生物炼制重点实验室
,
广州
, 510316
通讯作者
:
yongwen2001@163.com
作者
分子植物育种
, 2012
年
,
第
10
卷
,
第
46
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0046
收稿日期：
2012
年
05
月
28
日
接受日期：
2012
年
06
月
01
日
发表日期：
2012
年
09
月
27
日
本文首次发表在《分子植物育种》
(2012
年第
10
卷第
5
期
613-619
页
)
上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用
Creative Commons Attribution
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,
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引用格式
(
中文
)
：
樊丽娜等
, 2012,
广东割手密
SSR
遗传多样性分析
,
分子植物育种
(online) Vol.10 No.46 pp.1338-1345 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0046)
引用格式
(
英文
)
：
Fan et al., 2012, Gentic Diversity of
Saccharum spontaneum
L. from Guangdong Province Analyzed Based on SSR Markers, Fenzi Zhiwu Yuzhong
(online) (Molecular Plant Breeding) Vol.10 No.46 pp.1338-1345 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0046)
摘
要
割手密是甘蔗近缘野生种之一，在甘蔗育种中具有重要地位和作用。本研究采用
Genomic-SSR
和
EST-SSR
两种类
型分子标记对来自广东各个地区的
67
个割手密种质进行分析。在
20
对
SSR
引物上共检测到
341
个多态性条带，每个引物
上的平均多态性为
17.05
，其中
11
个
Genomic-SSR
的平均多态性为
20.82
，
9
个
EST-SSR
的平均多态性为
12.44
。广东割手
密在
Genomic-SSR
上的多态性显著高于
EST-SSR
上的多态性。
Mantel Test
分析表明：通过
Genomic-SSR
、
EST-SSR
以及
Genomic-SSR+EST-SSR
三种方法所计算的试验材料的遗传距离矩阵之间都呈极显著相关
(p<0.01)
，说明应用两种类型
SSR
获得的各个材料间的遗传关系具有较高的一致性。广东割手密在
20
对
SSR
引物上的遗传多样性指数介于
0.106 4~0.291 6
之
间，平均多样性指数为
0.194 3
；各个材料间的遗传距离为
0.006 3~0.308 2
之间，平均为
0.193 5
。
UPGMA
聚类分析表明：
广东割手密之间的遗传关系和地理来源存在一定的相关，由南向北存在较为显著的地理分化。
关键词
广东
;
割手密
; SSR;
遗传多样性
Gentic Diversity of
Saccharum spontaneum
L. from Guangdong Province
Analyzed Based on SSR Markers
Fan Lina , Li Yu , Luo Qingwen , Lao Fangye , Wang Qinnan , He Huiyi , Chen Yuegui , Deng Haihua ,
Li Qiwei , Qi Yongwen
Guangdong Key Lab of Sugarcane Improvement and Biorefine, Guangzhou Sugarcane Industry Research Institute, Guangzhou, 510316
Corresponding author, yongwen2001@163.com;
Authors
Abstract
Saccharum spontaneum
L. is a wild relative of sugarcane, which has played a major role in the improvement of sugarcane
varieties. In this study, 67
spontaneum
accessions from the different territories of Guangdong province were genotyped with 20 pairs
of simple sequence repeat (SSR) that were designated to Genomic-SSR and EST-SSR. Total 341 polymorphic bands were detected
by the 20 pairs of SSR with an average of 17.05 polymorphic bands for each pair of SSR. The average polymorphic bands for
Genomic-SSR and EST-SSR were 20.82 and 12.44, respectively, indicating that there were much more variations occurred at
Genomic-SSR loci than that occurred at EST-SSR loci in Guandong
spontaneum
. Mantel Test showed that there was significant
correlation (p<0.01) among the genetic distance matrixes of the tested materials calculated by Genomic-SSR, EST-SSR, and both of
the two types of SSR. The results presented that there was high similarity in genetic relationship among the tested Guangdong
spontaneum accessions applied to the two types of SSRs. Genetic diversity index of Guangdong
spontaneum
ranged from 0.106 4 to
0.291 6 with an average of 0.194 3, while genetic distance among Guangdong
spontaneum
ranged from 0.006 3 to 0.308 2 with an
average of 0.193 5. Cluster analysis using the UPGMA method showed that there was a certain correlation between genetic relationship
and geographical origin in Guangdong
spontaneum
, and significant geographic differentiation occurred from south to north.
Keywords
Guangdong,
Saccharum spontaneum
L., SSR, Genetic diversity
研究背景
甘蔗是中国及世界上最为重要的糖料作物。蔗
糖占到中国食糖总量的
90%
以上。甘蔗品种改良对
于保障中国食糖供应具有重要的地位和作用。割手密
(
Saccharum spontaneum
L.)
，又称甘蔗细茎野生种，
是甘蔗近缘野生种之一，也是甘蔗栽培种
(
Saccharum
spp.)
的重要亲本之一，具有耐旱、耐贫瘠、抗逆性
强等特点，在甘蔗改良中具有重要的作用
(Bremer,