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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1049
-
1060
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1049
-
1060
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1049
研究报告
A Letter
适于高梁
DNA
指纹图谱库构建的核心
SSR
引物的确立
王晶
1,2
,
张春宵
2
,
王凤华
3
,
郝彩环
3
,
杨德光
1
,
李晓辉
2
1
东北农业大学农学院
,
哈尔滨
, 150030
2
吉林省农业科学院生物技术研究中心
,
长春
, 130033
3
吉林省农业科学院
/
农业部植物新品种测试公主岭分中心
,
公主岭
, 136100
通讯作者
: yangguang918@yahoo.com.cn; lixiaohui2002lix@163.com;
作者
分子植物育种
, 2012
年
,
第
10
卷
,
第
7
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.07
收稿日期：
2011
年
02
月
10
日
接受日期：
2012
年
02
月
27
日
发表日期：
2012
年
03
月
6
日
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引用格式
(
中文
)
：
王晶等
, 2012,
适于高梁
DNA
指纹图谱库构建的核心
SSR
引物的确立
,
分子植物育种
(online) Vol.10 No.7 pp.1049-1060 (doi: 10.5376/mpb.
cn.2012.10.0007)
引用格式
(
英文
)
：
Wang J., et al., 2012, Determining SSR core primers for establishing DNA fingerprinting profiles in Sorghum, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant
Breeding) Vol.10 No.7 pp.1049-1060 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0007)
摘
要
本研究以
119
份高梁种质为试材，对搜集并合成的
288
对高梁
SSR
引物经过初筛、复筛和终筛，最终确立均匀分
布于高粱
10
个连锁群上的，扩增带型清晰、稳定且多态性水平高的
41
对引物作为构建高梁
DNA
指纹图谱数据库的核心引
物。这批引物既适用于变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，又适用于高通量的
DNA
测序仪检测。共检测出的总等位变异数为
193
，
每对引物检测出
2~9
个等位基因，平均
4.7
个；有效等位变异数在
1.1572~5.4690
之间，平均
2.8146
；
Shannon-Weaver
指数
在
0.262 0~1.881 3
之间，平均
1.116 4
；基因流在
0.322 8~4.034 3
之间，平均
1.034 4
；
Nei
期望杂合度在
0.135 8~0.817 2
之
间，平均
0.581 6
；多态性信息量在
0.135 9~0.817 1
之间，平均
0.581 6
。这批引物用于高粱
DNA
指纹图谱库构建是完全可
行的。本研究结果对于在分子水平上开展高梁品种鉴定、品种审定和品种权保护具有重要意义。
关键词
高梁；
SSR
；指纹图谱；核心引物
Determining SSR Core Primers for Establishing DNA Fingerprinting Profiles in
Sorghum
Wang Jing
1,2
, Zhang Chunxiao
2
, Wang Fenghua
3
, Hao Caihuan
3
, Yang Deguang
1
, Li Xiaohui
2
1 College of Agronomy, Northeast Agricultural University, Harbin, 150030
2 Center of Agri-Biotechnology, Jilin Academy of Agricultural Sciences, Changchun, 130033
3 Gongzhuling Station for Testing of New Varieties of Plant, MOA, Jilin Academy of Agricultural Sciences, Gongzhuling, 136100
Corresponding author, yangguang918@yahoo.com.cn; lixiaohui2002lix@163.com;
Authors
Abstract
In this research, we used 119 sorghum accessions as materials, and collected 288 SSR primers, and put them under
preliminary screen, secondary screen, and final screen to obtain41 core primers which are evenly distributed on 10 linkage groups to
generate clear, stable, and polymorphic PCR bands. The 41 core primers were used to establish DNA fingerprinting profiles in
Sorghum. These primers were suitable for both denaturing polyacrylamide gel electrophoresis and DNA sequencing analyzer. A
total of 193 alleles (Na) were obtained with 2~9 alleles per primer (averaging 4.7). The effective alleles (Ne) ranged from 1.157 2 to
5.469 0 (averaging 2.814 6). The Shannon-Weaver index (I) ranged from 0.262 0 to 1.881 3 (averaging 1.116 4). The gene-flow (Ne)
ranged from 0.322 8 to 4.034 3 (averaging 1.034 4). Nei Expected heterozygosity (He) ranged from 0.135 8 to 0.817 2 (averaging
0.581 6). The polymorphism information content (PIC) ranged from 0.1359 to 0.817 1 (averaging 0.581 6). It was feasible to
establish DNA fingerprinting in Sorghum for these primers. The results are important for variety identification, variety assessment
and intellectual property rights protection.
Keywords
Sorghum; Simple Sequence Repeats (SSR); Fingerprinting; Core primers
研究背景
高粱起源于非洲，是世界上仅次于玉米、水稻、
小麦和大麦的第五大粮食作物
(
段永红等
, 2009)
。高
粱具有耐旱、耐涝、耐贫疮、耐盐碱等多重抗性，
抗逆性强，广泛分布于干旱、半干旱和低洼易涝地
区，具有粮饲、造酒、帚用、编织等多种用途。在
我国，高粱也是重要的旱粮作物，对稳定粮食产量
和保证粮食供应也曾起过不可低估的作用
(
邵艳军