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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1017
-
1024
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1017
-
1024
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1020
图
1
供试水稻样品的系统聚类树状图
注
:
序号与表
2
同
Figure 1 The dendrogram of 120 tested rice samples
Note: The code correspond to table 2
心、乡
(
镇
)
农技站等专业技术人员，村干部和有经
验的年长农民共同参与的方式，在元阳县
46
个自
然村广泛收集了
568
份水稻地方材料，记录品种名、
农户和村寨。本研究所用水稻材料共计
120
份，是
本着保留不同名称、同名但表型有差异的异地材料
的原则从中筛选出的
(
表
2)
。
3.2 DNA
抽提及
PCR
检测
从已公布的水稻
SSR
引物筛选多态性高的
12
对
(RM84, RM208, RM16, RM280, RM289, RM253,
RM234, RM210, RM219, RM228, RM224
和
RM19)
，
每条染色体
1
对。取
10
个单株代表每份材料，
CTAB
法单株抽提全基因组
DNA (Song et al., 2003)
。
PCR
反应体系
(20 µL)
含
1× Buffer
，
0.2 mmol/L dNTP (
每
一成分均为
0.2 mmol/L)
，
1 µmol SSR
引物，
50 ng
模板
DNA
及
1 U
Taq
酶。扩增程序为：
94
℃ 预变
性
2 min
，
94
℃
40 s
，
55
℃
30 s
，
72
℃
40 s
，
36
个
循环，
72
℃延伸
10 min
。采用
6%
聚丙烯酰胺变性
凝胶电泳及银染法检测扩增结果
(
高东等
, 2009a)
。
3.3
数据处理
SSR
扩增带型采用基因型统计，并建立相应的
数据库
(
高东等
, 2011)
。采用
POPGENE(Yeh et al.,
1999)
分析等位基因数
(
Na
, Observed number of
alleles)
、有效等位基因数
(
Ne
, Effective number of
alleles, Kimura and Crow, 1964)
、期望纯合度
(
Exp_Hom
, expected homozygosty, Levene, 1949)
、期
望杂合度
(
Exp_Het
, expected heterozygosity, Levene,
1949)
、
Shannon
指数
(
I
, Shannon's information index,
Lewontin 1972)
等参数。
NTSYS
程序
(Rohlf, 1997)
软件完成参试材料间欧氏距离计算，采用非加权
平均数
(UPGMA)
，依据遗传相似系数绘制树状聚
类图。
作者贡献
高东为本研究的构思者及负责人，试验设计和
试验研究的执行人；白秀红参与样品采集，试验设
计与分析，及论文初稿的写作；余磊和苏源参与数
据分析及论文修改。全体作者都阅读并同意最终的
文本。
致谢
本研究由国家重点基础研究发展计划
(973
项
目
)
课题
(2011CB100406)
资助