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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1199
-
1205
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1199
-
1205
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1204
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，
72
℃延伸
45 s
，循环次数
30
；
72
℃
延伸
5 min
，
4
℃保存。
PCR
扩增在基因扩增仪
WD
-
9402A (
北京六一仪器厂
)
和
L96+(
杭州朗基科
学仪器有限公司
)
进行。
3.2.3
电泳检测
变性的
PCR
产物用
6.0%PAGE
电泳检测。电
泳结束后用
0.007 5%AgNO
3
溶液染色，
1.5% NaOH
和
0.4%
甲醛溶液显影，观察结果。
3.3
数据统计与分析
采用人工读带的方式，各标记的多态性片段依
据分子量从大到小按
1
、
2
、
3
、
4
、
5
……进行编号，
对于鉴定过程中新发现的多态性片段，按上述规则
插入或追加并编号，以
1
和
0
分别代表某个基因座
相应的等位基因位点扩增
DNA
条带的有无，
9
代表
缺失带型，记录所有品种等位基因的类型
(
带型
)
，并
构建
(0, 1)
的二元数据矩阵，同时转换成基因型矩阵。
在记录过程中只记录主要带型、忽略弱杂带型，
并注重与标准带型对照和
100 bp DNA Marker
(TransGen)
的比对，同时参考比较鉴定品种之间带型。
种子纯度的计算公式为：种子纯度
(%) =
(1 −
∑ V
=1
n×m
) × 100%
其中，
n
表示供试的
SSR
引物总数，
m
表示某
一品种中待测品种总数
(
本实验中
m=5)
，
Vi
表示第
i
对引物检测到差异位点的品种数目
(0=<Vi<=m)
。
多态性信息含量
(polymorphism information
content, PIC)
按照
Smith
等
(1997)
描述公式计算。该
参数是衡量微卫星片段多态性的指标。其计算公式
为：
PIC = 1 −∑ P
2
=1
公式中，
n
为所分析的某个微卫星标记在玉米
品种中检测到的多态性片段总数，
p
i
为第
i
个等位
基因出现的频率。标记索引系数
(marker index, MI)
按
Senior
等
(1998)
提供的公式
MI=Allele
×
PIC
计算，
Allele
为该引物的等位基因数。
利用
POPGENE32
软件计算
Shannon
多样性指
数
(Shannon, 1948) (Shannon's Information index)
，等
位基因频率
(Allele frequency)
，有效等位基因数
(Effective number of alleles, Kimura and Crow, 1964)
，
以简单相配系数
(Simple matching coefficient, SM)
计算品种间的遗传相似系数
(genetic similarity, GS)
GS=m/(m+n)
，其中
m
表示基因型间共有带数目；
n
表示基因型间差异带数目。同时，应用软件
NTSYSpc 2.10 (Rohlf, 2001)
处理数据，按非加权平
均数
(unweighted pair group method, UPGMA)
进行
聚类分析，构建
222
个玉米新品种的聚类图。
作者贡献
吴毅歆是项目的构思者和负责人，指导实验设计，论
文写作与修改；刘春明是本实验研究的执行人，负责分子标
记实验，参与实验数据整理与分析，论文写作与修改，与第
一作者同等贡献；李学进参与样品的采集，实验设计；何月
秋、毛自朝是项目的构思者，参与实验设计，试验结果分析
和论文修改。全体作者都阅读并同意最终的文本。
致谢
本研究由云南省支撑计划项目
(2006NG19)
，云南省农
业产业技术体系项目共同资助。作者感谢中国农业科学院烟
草研究所任民老师在实验数据统计和转换以及云南农业大
学陈卓君、郝昆、胡洲、刘鸿骄、杨珍福、岑爽、武丽娜同
学在实验数据获得过程中提供帮助。
参考文献
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can be maintained in a finite population, Genetics, 49(4):
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