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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1164
-
1170
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1164
-
1170
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1669
个氨基酸变异是
Ghd7
-
3
特有的；
Ghd7
-
0
和
Ghd7
-
0a
是没功能的等位基因，
Ghd7
-
0
是功能域的删除
而导致的，而
Ghd7
-
0a
是一个终止密码子的突变导
致编码系列提前终止导致的。考察其地理分布，各
等位基因具有明显的规律，效应较大的
Ghd7
-
1
和
Ghd7
-
3
主要分布在热带和亚热带以及夏季温度高
且持续时间长的地区，
Ghd7
-
2
分布在温带粳稻品
种里；
Ghd7
-
0
分布在华中和华南二季稻区的早稻
里，
Ghd7
-
0a
则分布在夏季凉爽，水稻生育期短的
东北黑龙江省的品种中
(
薛为亚等
, 2009)
。元阳传统
水稻品种月亮谷持有功能的等位基因
Ghd7
-
1
，与
其气候环境相符。但是，鉴于哀牢山的垂直海拔落
差以及“一山分四季，十里不同天”的特征，有必
要对哀牢山区不同小生境的月亮谷的
Ghd7
进行比
较分析，极有可能发现其他类型的
Ghd7
。
3
材料与方法
3.1
哈尼族传统水稻品种月亮谷全基因组测序
哈尼族当地传统水稻品种月亮谷全基因组序
列采取重测序的方法，我课题组出资，由华大基因
(
深圳
)
完成，并分别以
9311
和日本晴为模板拼接成
2
套月亮谷全基因组序列，分别记为月亮谷
1 (9311)
和月亮谷
2 (
日本晴
)
。
3.2
基因序列的获取与比对
利用
BIOEDIT (Kostka et al., 2008)
将月亮谷的
重测序序列建立本地
BLAST
数据库。然后用
Hd3a
、
Hd1
、
Edh1
和
Ghd7
的序列作查询序列搜索
BLAST
数据库发现基因片段，同时截取基因及上游
2 kb
的
调控序列片段，序列比对用
DNAMan
软件进行，
比对结果文件保存为
.phy
文件。依据
Takahashi
等
(2009)
发表的多态性位点进行汇总、做图。
作者贡献
高东是本研究的实验设计和实验研究的执行人；毛如志
和魏富刚完成实验及数据分析；高东是论文的构思者及负责
人，指导实验设计，数据分析，论文写作与修改。全体作者
都阅读并同意最终的文本。
致谢
本研究国家重点基础研究发展计划
(973
项目
)
课题
(2011CB100406)
资助。感谢唐有福在整个科研过程中提供的
大量支持。
参考文献
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