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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1164
-
1170
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1164
-
1170
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1164
研究报告
A Letter
地方稻月亮谷花期控制基因
Hd3a
、
Hd1
、
Edh1
和
Ghd7
的多态性分析
高东
1
,
毛如志
1
,
魏富刚
2
,
何霞红
1
1
云南农业大学农业生物多样性应用技术国家工程中心
,
教育部农作物多样性与病害控制重点实验室
,
植物病理重点实验室
,
昆明
, 650201
2
文山州植保站
,
文山
, 663000
通讯作者
:
gaodong521@yahoo.com.cn
作者
分子植物育种
, 2012
年
,
第
10
卷
,
第
23
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0023
收稿日期：
2012
年
04
月
20
日
接受日期：
2013
年
04
月
26
日
发表日期：
2012
年
05
月
23
日
这是一篇采用
Creative Commons Attribution License
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,
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件的使用与传播。
引用格式
(
中文
)
：
高东等
, 2012,
地方稻月亮谷花期控制基因
Hd3a
、
Hd1
、
Edh1
和
Ghd7
的多态性分析
,
分子植物育种
(online) Vol.10 No.23 pp.1164-1170 (doi:
10.5376/mpb. cn.2012.10.0023)
引用格式
(
英文
)
：
Gao et al., 2012, Analysis of Functional Nucleotide Polymorphisms in
Hd3a
,
Hd1
,
Edh1
and
Ghd7
Genes Controlling Heading Date in Yuelianggu
Landrace, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding) Vol.10 No.23 pp.1164-1170
(doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0023)
摘
要
水稻抽穗期控制的关键基因已基本清楚，但是栽培稻花期多样性的分子机理仍然不清楚。本文利用重测序月亮谷
的全基因组序列、
Takahashi
等
(2009)
在
PNAS
上发表的部分数据和
Xue
等
(2008)
在
Nature genetics
发表的部分数据，研究了
Hd3a
、
Hd1
、
Edh1
和
Ghd7
等
4
个基因的核苷酸多态性。结果显示，月亮谷
Hd3a
启动子区核苷酸多态性分布与前人报道的
有所不同，发现
5
个特有的
SNP
位点，分别位于-
1 851 bp
、-
1 720 bp
、-
700 bp
、-
681 bp
和-
1 607 bp
处；
1
个特有的
InDel
，
位于-
523 bp
处。月亮谷
Hd1
编码区其具有很高的多态性，发现
6
个特有的
SNP/InDel
位点，其中包括了所有
4
个移码位点，
1
个插入位点和
1
个缺失位点，月亮谷
Hd1
属无功能的等位基因类型。月亮谷
Ehd1
编码区
SNP/InDel
与前人研究结果相似。
月亮谷
Ghd7
属于前人报道的有功能的等位基因
Ghd7
-
1
。月亮谷抽穗期相关基因复杂的多态性，一方面与其生长环境垂直
海拔落差导致的“一山分四季，十里不同天”的复杂小生境有关，另一方面可能是其耐病、耐寒，适应性广的分子基础。
关键词
地方稻
;
基因
;
抽穗期
;
单核苷酸多态性
;
哈尼梯田
Analysis of Functional Nucleotide Polymorphisms in
Hd3a
,
Hd1
,
Edh1
and
Ghd7
Genes Controlling Heading Date in Yuelianggu Landrace
Gao Dong
1
, Mao Ruzhi
1
, Wei Fugang
2
, He Xiahong
1,2
1. The National Center for Agricultural Biodiversity, Key Laboratory of Ministry of Education for Agricultural Biodiversity and Plant Disease Control, Key
Laboratory of Plant Pathology, Yunnan Agricultural University, Kunming, 650201, P.R. China;
2. Plant Protection Station of Wensan Autonomous Prefecture, Wensan, 663000, P.R. China
Corresponding author, gaodong521@yahoo.com.cn;
Authors
Abstract
The major genes involved in rice flowering have been identified. However, the molecular mechanism for promoting the
diversity of flowering time in cultivated riceis still unknown. In this paper, the genome re-sequencing of Yuelianggu, the partial data
quoted frompapers written by Takahashi et al. in PNAS in 2009 and by Xue et al. in Nature Genetics in 2008, are used to study the
nucleotide polymorphisms of 4 genes (
Hd3a
,
Hd1
,
Edh1
and
Ghd7
) in the rice flowering pathway. The results indicate that
nucleotide polymorphisms in the
Hd3a
promoter region are different from what was reported previously. 5 specific SNPs for
Yuelianggu are distributed at the locations of
-
1 851 bp,
-
1 720 bp,
-
700 bp, -681 bp and
-
1 607 bp. 1 specific InDel for Yuelianggu
was found at the location of
-
523 bp. A high polymorphism in the
Hd1
coding region was indentified. There are 6 specific
SNP/InDels for Yuelianggu, including 4 frame shift 1 insert and 1 delet.
Hd1
is a nonfunctional allele in Yuelianggu. The nucleotide
polymorphisms in the
Ehd1
coding sequence are similar to previously reported data.
Ghd7
is a functional allele in Yuelianggu and
belongs to previously reported
Ghd7
-
1
. The complicated polymorphisms of the genes related to the flowering time in Yuelianggu,
may have some relations with its habitat, Ailao mountain region, which has sharp elevation and is diversiform in climate. On the
other hand, this could be the molecular basis for its tolerance to disease, pest and cold, and its wide adaptation.
Keywords
Oryza sativa
L. landrace; Gene; Heading date; Single nucleotide polymorphisms (SNP); Hani terrace
研究背景
抽穗期是决定作物品种生育期及地区适应性
的重要性状，受自身遗传因子和外界环境因素两方
面决定，是开花基因时空顺序表达的结果
(Yano et