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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1092
-
1096
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1092
-
1096
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1092
技术主题
Technology Feature
dbMarker
：基于云计算的分子标记管理系统
任民
1
,
盖红梅
2
,
蒋彩虹
1
,
王志德
1
1.
中国农业科学院烟草研究所，中国农业科学院烟草遗传改良与生物技术重点开放实验室
,
青岛
, 266101
2.
青岛市农业科学研究院，农业部黄淮海作物遗传改良与生物技术重点开放实验室
,
青岛
, 266100
通讯作者
:
renm79@126.com;
作者
分子植物育种
, 2012
年
,
第
10
卷
,
第
12
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0012
收稿日期：
2011
年
12
月
16
日
接受日期：
2012
年
02
月
24
日
发表日期：
2012
年
04
月
26
日
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引用格式
(
中文
)
：
任民等
, 2012, dbMarker
：基于云计算的分子标记管理系统
,
分子植物育种
(online) Vol.10 No.12 pp.1092-1096 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0012)
引用格式
(
英文
)
：
Ren et al., 2012, dbMarker: Molecular Marker Management System Based on Cloud Computing, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding)
Vol.10 No.12 pp.1092-1096 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0012)
摘
要
为了方便研究人员管理海量增长的分子标记信息数据，本研究采用
Google App Engine
云计算平台开发了
dbMarker
分子标记管理系统。利用该系统可以通过引物名称、前后引物序列等基本信息查询相关引物，同时还可对退火温度、扩增长
度、引物所在染色体等设置查询条件检索符合用户要求的引物。此外，该系统还具备完善的数据上传更新功能，能够实现标
记信息的安全稳定存储。
dbMarker
分子标记管理系统功能完备、界面友好、操作便捷，能够满足当前高通量研究手段对信
息管理的要求。
关键词
dbMarker;
分子标记
;
云计算
;
信息系统
dbMarker: Molecular Marker Management System Based on Cloud Computing
Ren Min
1
, Ge Hongmei
2
, Jiang Caihong
1
, Wang Zhide
1
1. Tobacco Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences
，
Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology, Chinese
Academy of Agricultural Sciences, Qingdao, 266101
2. Qingdao Academy of Agricultural Sciences
，
Key Laboratory of Huanghuaihai Crop Genetic Improvement and Biotechnology, Ministry of Agriculture,
Qingdao, 266100
Corresponding author: renm79@126.com;
Authors
Abstract
In order to manage the immense amount of molecular marker data more conveniently and efficiently, a molecular marker
management system named dbMarker was developed on the Google App Engine cloud computing platform. In the dbMarker system,
relevant markers can be searched according to primer name or primer sequence. Also, primers’ Tm, sequence length and chromosome
number, and so on, can be used as restrictions to search the assumed markers. In addition, this system can not only upload and refresh
molecular marker data successfully, but also store information safely and steadily. In a word, dbMarker is a useful and user-friendly
molecular marker management system, and will play an important role in high-throughput studies.
Keywords
dbMarker; Molecular marker; Cloud computing; Information system
研究背景
自
PCR
技术发明以来，基于
PCR
的分子标记
技术相继出现
(Williams et al., 1990; Tautz, 1989;
Zietkiewicz et al, 1994)
，随着分子标记的广泛应用
和研究深度的不断增加，现已形成了以酶切、
PCR
和测序为基础的
3
大类几十种分子标记，一些常用
分子标记的位点少则几千，多则如
SNP
在百万以上
(Rodríguez-Suárez et al., 2011; Yu et al., 2011)
。因此，
单纯依靠人工已无法有效地进行各类标记信息的
存储和管理。当前众多生物信息学网站均开发了标
记信息管理系统
(Sherry et al., 2001; Huala et al,
2001; Kim et al., 2008; Kim et al., 2009; Galperin and
Fernández-Suárez, 2011; Sayers et al., 2011)
，在方便
用户查询的同时也便于数据的收集和管理
(
表
1)
。然
而面向实验室和个人的分子标记管理系统目前未
见报道，随着研究的深入和高通量分析手段的普