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分子植物育种
(
网络版
), 2011
年
,
第
9
卷
,
第
1438
-
1445
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2011, Vol.9, 1438
-
1445
http://mpb.
5th
.sophiapublisher.com
1438
研究报告
A Letter
大白菜单一基因微卫星标记的电子遗传图谱
梁翠
1
,
王哲
1
,
倪梦
2
,
黎瑞源
2
,
孟金陵
2
,
朴钟云
1
1.
沈阳农业大学园艺学院
,
沈阳
, 110866
2.
华中农业大学作物遗传改良国家重点实验
,
武汉
, 430070
通讯作者
:
zypiao@syau.edu.cn;
作者
分子植物育种
, 2011
年
,
第
9
卷
,
第
59
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0059
收稿日期：
2011
年
01
月
10
日
接受日期：
2011
年
04
月
18
日
发表日期：
2011
年
05
月
16
日
这是一篇采用
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引用格式：
梁翠等
, 2011,
大白菜单一基因微卫星标记的电子遗传图谱
,
分子植物育种
Vol.9 No.59 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0059)
摘
要
本研究以大白菜
(
Brassica rapa
ssp.
pekinensis
) 182 703
条表达序列标签
(EST)
为序列来源，在分析微卫星在大白菜基
因组中分布的基础上，利用单一基因微卫星
(unigene derived microsatellite, UGMS)
标记构建了电子遗传图谱。结果表明，在
利用
182 703
条
EST
拼接成的
38 753
个单一基因中，
4 881
个含有
5 537
个微卫星，占总数的
12.6%
。定位于
10
个连锁群的
338
个大白菜细菌人工染色体
(Bacterial Artificial Chromosome, BAC)
克隆共包含
2 252
个
UGMS
标记。平均每个
BAC
克隆包
含
6.7
个
UGMS
。这些
UGMS
标记定位在由
10
个连锁群构成的电子遗传图谱中，总长度为
1 170.1 cM
。每个连锁群中分布
有
107~485
个
UGMS
标记。在
2 252
个
UGMS
标记中，
837
个在连锁群中具有单一位点，
756
个有两个位点，其余的有
3
个或
3
个以上位点。这些多位点
UGMS
标记位于同一条连锁群或不同连锁群中。
关键词
大白菜
;
单一基因
;
单一基因微卫星标记
;
电子遗传图谱
In Silico
Mapping of Unigene Derived Microsatellite Markers in Chinese
Cabbage (
Brassica rapa
)
Liang Cui
1
, Wang Zhe
1
, Ni Meng
2
, Meng Jinling
2
, Piao Zhongyun
1
1. College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, Shenyang 110866, P.R. China
2. National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement, Huazhong Agricultural University, Wuhan, 430070, P.R. China
Corresponding author, zypiao@syau.edu.cn;
Authors
Abstract
To study the distribution of microsatellites and to
in silico
mapping of microsatellites in Chinese cabbage (
Brassica rapa
ssp
pekinensis
), 182 703 expressed sequence tags (ESTs) sequences from public database were analyzed. Among 38 753 unigenes
assembled, 4 881 (12.6%) unigenes were found to contain 5 537 microsatellite. of 5 537 unigene derived microsatellite (UGMS)
markers, 2 252 were anchored to 338 Bacteria Artificial Chromosome (BAC) clones which were mapped on 10 linkage groups of
Chinese cabbage. Based on the linkage map of Chinese cabbage, an
in silico
map of 2 252 UGMS markers was constructed.
In silico
map was consisted of 10 linkage groups, covering 1 170.1 cM in length. The number of markers per linkage group ranged from 107
to 485. Out of mapped UGMS markers, 837 had unique position on linkage groups, 756 were duplicated, the others were either
triplicated or more than three copies. In addition, the duplicated UGMS were located on one or more linkage groups.
Keywords
Chinese cabbage; Microsatellite; Unigene derived microsatellite marker;
in silico
mapping
研究背景
芸薹种
(
Brassica rapa
)
是芸薹属植物中最为重
要的物种之一，是蔬菜、油料和饲料作物的重要来
源，而且富含膳食纤维、维生素
C
和抗癌等其它营
养有益成分。其中大白菜、青梗菜和菜心等为我国
栽培面积最大的蔬菜作物。
目前，应用于大白菜的分子标记主要有
RFLPs
(Restriction Fragment Length Polymorphisms)
、
RAPD
(Random Amplified Polymorphic DNA)
、
SSRs
(Simple Sequence Repeats)
和
AFLPs (Amplified
Fragment Length Polymorphisms)
等几种类型。
SSR
或微卫星
(microsatellite)
是指
1~6
个碱基长度的核苷
酸单位以多次重复串联排列在基因组上的一段序
列。由于
SSR
标记具有多态性高、呈共显性遗传、
基因组上分布广泛、易于用
PCR
检测等特点，已广
泛应用于遗传作图和遗传多样性等研究
(Powell et