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分子植物育种
(
网络版
), 2011
年
,
第
9
卷
,
第
1359
-
1365
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2011, Vol.9, 1359
-
1365
http://mpb.
5th
.sophiapublisher.com
1359
技术主题
Technology Feature
SSR
数据处理宏程序
DataTrans 1.0
盖红梅
1
,
任民
2
1.
青岛市农业科学研究院
/
农业部黄淮海作物遗传改良与生物技术重点开放实验室
,
青岛
, 266100
2.
中国农业科学院烟草研究所
/
中国农业科学院烟草遗传改良与生物技术重点开放实验室
,
青岛
, 266101
通讯作者
:
renm79@126.com;
作者
分子植物育种
, 2011
年
,
第
9
卷
,
第
48
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0048
收稿日期：
2011
年
03
月
10
日
接受日期：
2011
年
04
月
13
日
发表日期：
2011
年
04
月
21
日
这是一篇采用
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,
版权所有人允许并同意第三方无条
件的使用与传播。
引用格式：
盖红梅等
, 2011, SSR
数据处理宏程序
DataTrans 1.0,
分子植物育种
Vol.9 No.48 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0048)
摘 要
随着群体遗传学研究的不断深入和高通量基因分型技术的成功实施，越来越多的研究需要处理大量的
SSR
数据。而
原始数据格式往往与不同分析软件的输入格式之间存在较大差别，由此，
SSR
数据前期处理日益成为数据分析过程中的限速
步骤。为此，本研究应用
Excel
的
VBA
语言开发了一套进行
SSR
数据处理的宏程序
DataTrans1.0
。该程序可以实现由原始
的
bp
数据，转换为
Ntsys
软件需要的
0, 1
格式、
Popgene
软件需要的基因型格式及
PowerMarker
、
Structure
和
Tassel
等软件
的输入格式；还可以实现由
0, 1
数据转换为
Popgene
软件需要的基因型格式。与人工转换相比，
DataTrans 1.0
大大提高了数
据转换的效率和准确性，是广大群体遗传学和基因组学研究人员不可或缺的重要桥梁工具。
关键词
数据处理
;
数据转换
; Excel
宏
DataTrans1.0, A Software for Microsatellite Data Processing Based on Excel
Macro
Ge Hongmei
1
, Ren Min
2
1. Qingdao Academy of Agricultural Sciences/Key Laboratory of Huanghuaihai Crop Genetic Improvement and Biotechnology, Ministry of Agriculture,
Qingdao, 266100, P.R. China
2. Tobacco Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences/Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology, Chinese
Academy of Agricultural Sciences, Qingdao 266101, P.R. China
Corresponding author, renm79@126.com;
Authors
Abstract
Along with the development of population genetic study and the implement of high-throughput genotyping, Now a days,
large number of SSR data required tidy up and deep analysis from multi-direction. However, there was a huge gap existed between
the original data and the input file formats accepted by different soft wares, such as Ntsys, Popgene, PowerMarker, Structure and
Tassel etc. The pre-processing of SSR data, especially, format transforming among different data format came into being the speed
limit of data analysis. For this purpose, a useful and user-friendly program DataTrans1.0 was developed to make SSR data format
transforming easier, which programed by Visual Basic Application (VBA) language running inside Microsoft Excel. DataTrans1.0
can realize the transformation from “bp” typed original data to several input file formats adapted by Ntsys, Popgene, PowerMarker,
Structure and Tassel respectively. It can also transform data from “0, 1” format to input file format for Popgene. In addition, two
DataTrans1.0 editions available, 2003 and 2007 were developed to suit the different version of Microsoft Office. It is fortunate that
Datatrans1.0 (2007) profited from Excel 2007 can work with huge data points and be well benefit for high-throughput data analysis.
In comparison with the manually data transforming, it can largely improve the efficiency and quality. Therefore, DataTrans1.0 is a
powerful tool for population genetics and genomics research.
Keywords
SSR; Data Processing; Data Transforming; Excel macro
研究背景
微 卫 星
DNA
又 叫 简 单 重 复 序 列
(Simple
Sequence Repeats, SSR)
，具有数量丰富，覆盖整个
基因组，多态性高且呈共显性遗传等优点，因此广
泛地应用于遗传多样性分析
(Vigoroux et al., 2005;
盖红梅等
, 2005;
任民等
, 2005)
、遗传图谱构建
(Röder et al., 1998; Somers et al., 2004)
、核心种质构
建
(Hao et al., 2008)
、
QTL
定位
(Yang et al., 2007; Su