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肖炳光等
, 2011, 23
份烟草品种遗传关系的
SSR
分析
,
分子植物育种
Vol.9 No.39 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0039)
1298
2005;
肖炳光
, 2006;
杨友才等
, 2006;
祁建民等
,
2006;
肖炳光等
, 2007;
杜传印等
, 2008; Ren and
Timko, 2001; Arslan et al., 2006; Siva et al., 2008)
，使
用的分子标记主要是
RAPD
、
AFLP
、
ISSR
等随机
性标记。
SSR
标记是利用
SSR
两侧特定的
DNA
序
列来设计引物，扩增串联重复序列，根据串联重复
数的不同揭示
SSR
的长度多态性，具有共显性、多
态性高、重复性好、操作简便等特点
(Moore et al.,
1991; Akkaya et al., 1992; Morgante and Olivieri,
1993)
，受到广泛重视。
Bindler
等
(2007)
利用美国烟
草基因组计划
(TGI)
的序列数据成功地开发了烟草
SSR
标记，并绘制了第一张基于
SSR
标记的烟草遗
传图谱；随后，
Moon
等
(2009)
利用
Bindler
公布的
SSR
标记对美国的
117
份烤烟及
720
份引进种质
(TIs)
进行了研究。
本研究旨在利用
Bindler
等
(2007)
发表的
SSR
标记和我们自己开发的
SSR
标记，对
23
份烟草品
种进行遗传多样性和遗传关系分析，为充分发掘利
用烟草种质资源、拓宽育成品种的遗传基础等提供
依据。
1
结果与分析
1.1 SSR
标记分析
利用
8
份参试烟草品种
(
编号为
Nt1~Nt8)
对
Bindler
等
(2007)
发表的
278
对
SSR
引物和我们自己
开发的
1720
对
SSR
引物进行初步筛选，共得到
700
对具有稳定、清晰多态性条带的
SSR
引物
(
表
1)
，
其中
119
对为
Bindler
等
(2007)
发表的引物
(
记为
PT
系列
)
，
581
对为我们开发的引物，包括
65
对基于
公共数据库
TIGR(http://www.tigr.org/tdb/)
中所有烟
草表达序列
(EST)
所设计的
EST-SSR
引物
(
记为
Tep
系列
)
和
416
对根据
TGI
公布的最新烟草基因组序
列开发的
Genome-SSR
引物
(
记为
Tp
系列
)
。
利用上述
700
对
SSR
引物在参试的
23
份烟草
品种
(
表
2)
中进行扩增
(
引物
Tep008
和
Tp186
的扩增
结果见图
1)
，共检测到
1600
个等位基因，每对引
物检测的等位基因数在
1~10
个之间，平均为
2.29
个。表明我们开发的烟草
SSR
标记是成功的，同时
也说明利用烟草自身的
SSR
引物对其进行基因组
多态性分析是完全可行的。
表
1
引物筛选结果
Table 1 Results of primer screening
引物系列
Serials of primers
供试的引物对数
Number of primer pairs
多态性引物数
Number of polymorphic primers
多态率
(%)
Ratio of polymorphism (%)
Tep
600
65
10.83
Tp
1120
416
37.14
PT
278
119
42.81
总计
Total
1998
700
35.04
图
1
引物
Tep008(A)
和
Tp186(B)
的扩增结果
Figure 1 Result of amplification using primers Tep008 (A) and Tp186 (B)