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何建文等
, 2011, 48
个辣椒地方品种
SSR
和
SRAP
标记的遗传多样性和指纹分析
,
分子植物育种
Vol.9 No.30 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0030)
1226
续表
5
Continuing table 5
编号
No.
材料名称
Material
name
果型
Fruit type
原产地
Origin
编号
No.
材料名称
Material
name
果型
Fruit type
原产地
Origin
16
Z043019
指形
Finger-type
黄平
Huangping
40
Z042008A1
锥形
Taper-type
四川
Sichuan
17
Z042191D
指形
Finger-type
黄平
Huangping
41
Z042037C
羊角形
Sheep horn-type
四川
Sichuan
18
SYXMJ
指形
Finger-type
黄平
Huangping
42
Z047044A
牛角形
Ox horn-type
广西
Guangxi
19
HPXJ1
线形
Line-type
黄平
Huangping
43
Z042051C
牛角形
Ox horn-type
广西
Guangxi
20
HPXJ
线形
Line-type
黄平
Huangping
44
Z052224
指形
finger-type
广西
Guangxi
21
SYTZJ
圆球形
Rotundity-type
黄平
Huangping
45
Z047068B
牛角形
Ox horn-type
广西
Guangxi
22
SYZDT
锥形
Taper-type
黄平
Huangping
46
Z055027
灯笼形
Lantern- type
海南
Hainan
23
Z041051
羊角形
Sheep horn-type
黄平
Huangping
47
J1
羊角形
Sheep horn-type
吉林
Jilin
24
DSXJ
线形
Line-type
独山
Dushan
48
Z042099E
牛角形
Ox horn-type
陕西
Shanxi
3.2
试验方法
3.2.1
辣椒基因组
DNA
提取
在辣椒生长旺期取植株顶端幼嫩叶片
5~10g
提
取基因组
DNA
，采用杨文鹏
(2005)
改进的
CTAB
方
法。所提
DNA
样品用核酸蛋白分析仪
(GeneQuant
1300
，产地瑞典
)
检测浓度，并稀释到
50 ηg/ul
，于
4
℃
保存备用。
3.2.2 SSR
标记反应体系及
PCR
扩增程序
SSR-PCR
反应体系为：在
25 μL
的总体积中，
40
ηg
的模版
DNA
，
2.5 mmol/L
的
Mg
2+
、
0.2mmol/L
的
dNTP
、
U
的
Taq
酶、
2
条引物均为
0.1 μmol/L
。扩增
按照
Lee
等
(2001)
的方法进行。
3.2.3 SRAP
标记反应体系及
PCR
扩增程序
SRAP-PCR
反应体系采用何建文等
(2009)
的优
化体系，在
25 μL
体系中含
60 ηg
的模板
DNA
、
1.5
mmol/L
的
Mg
2+
、
0.2 mmol/L
的
dNTP
、
1U
的
Taq
酶和
0.1 μmol/L
的单条引物。扩增程序为：
94
℃预变性
5
min
；
94
℃变性
1min
，
35
℃复性
1 min
，
72
℃
延伸
1
min
，
5
个循环；
94
℃变性
1 min
，
50
℃复性
1 min
，
72
℃延伸
1 min
，
35
个循环；最后
72
℃延伸
10 min
，
4
℃保存。
3.2.4
电泳分析检测
SSR
和
SRAP
的
PCR
扩增产物均用
6%
的变
性聚丙烯酰胺凝胶电泳
(70 W
恒功率
)
分离，
1 500 V
电泳
85 min
左右，固定、银染、显影、定影等参照
许绍斌等
(2002)
的方法进行。
3.2.5
数据统计分析
将电泳图谱上同一位置清晰出现的条带记为
“1”
，没有条带记为
“0”
，缺失的记为
“.”
由此生成
“0”
、
“1”
和
“.”
原始矩阵。统计每对引物扩增出的总条带
数和多态性条带数。每个
SSR
位点的多态性信息量
(Polymorphic Information Content,
简称
PIC)
按
Senior M S
等提供的公式计算，即
PIC=1-∑fi2,
其中
fi
为
i
位点的基因频率；标记索引系数
(Marker index,
简称
MI)
按
Smith
提供的公式
MI=Allele×PIC
计算，
Allele
为扩增位点的等位基因数。用
SYSTAT10.2
软件进行数据分析，按类平均距离法，以欧氏距离
进行聚类分析。
作者贡献
何建文是本研究的实验设计和试验研究的执行、数据
分析、论文初稿的写作人，姜虹和韩世玉是试验所需材料的
提供人，杨红是田间果型性状调查与数据整理人；杨文鹏是