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分子植物育种
(
网络版
), 2011
年
,
第
9
卷
,
第
1217
-
1239
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2011, Vol.9, 1217
-
1239
http://mpb.
5th
.sophiapublisher.com
1217
研究报告
A Letter
48
个辣椒地方品种
SSR
和
SRAP
标记的遗传多样性和指纹分析
何建文
1
,
杨文鹏
2,3
,
姜虹
1
,
韩世玉
1
,
杨红
1
1.
贵州省辣椒研究所
,
遵义
, 563006
2.
贵州省旱粮研究所
,
贵阳
, 550006
3.
贵州省农业生物技术重点实验室
,
贵阳
, 550006
通讯作者
: ywpmaize@126.com;
作者
分子植物育种
, 2011
年
,
第
9
卷
,
第
30
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0030
收稿日期：
2010
年
11
月
08
日
接受日期：
2011
年
01
月
28
日
发表日期：
2011
年
03
月
18
日
这是一篇采用
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引用格式：
何建文等
, 2011, 48
个辣椒地方品种
SSR
和
SRAP
标记的遗传多样性和指纹分析
,
分子植物育种
Vol.9 No.30 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0030)
摘
要
为了评估辣椒地方法种质资源的遗传多样性和保护其知识产权，本研究以
48
个辣椒地方品种为试材，采用
SSR
和
SRAP
标记技术，进行分子标记多态性和聚类分析并构建数字化指纹图谱。结果如下：
1
、遵义朝天椒和
J1
羊角型椒两品种
间，
75
个
SSR
标记中有
15
个
SSR
位点具有多态性；
SRAP
标记的
30
对
PCR
引物组合中，有
11
对引物组合的
PCR
扩增位
点具有多态性。在
48
个品种中，
15
个
SSR
标记平均可检测
2.7
个等位基因，平均多态信息量
(PIC)
为
0.54
；
11
个
SRAP
标
记
(
对应于
SRAP
的
11
对
PCR
引物组合
)
平均可检测
16
个等位基因，平均
PIC
为
0.85
。可见，所研究的地方品种具有较丰
富的遗传多样性。
2
、经聚类分析，
48
个品种基于
SSR
标记可被分为
6
类，基于
SRAP
标记可被分为
7
类，基于
SSR+SRAP
标记可被分为
5
类。分类结果与果实形状有一定的关联，而且基于
SSR+SRAP
标记的分类更切合实际。
3
、构建的
48
个品
种
15
个
SSR
标记和
11
个
SRAP
标记的数字化指纹图谱，出现完全相同指纹的概率非常低，可用于知识产权保护和品种鉴
定。经用聚类分析筛选，只需选择
CA514272
、
Hpms2-21
、
Hpms1-69
、
CA516439
、
Hpms1-139
和
BM61910
等
6
个
SSR
标记，或者
me1+em7
和
me2+em8
两个
SRAP
标记即可鉴定参试品种。研究结果对于辣椒种质资源的遗传改良、育种实践、
知识产权保护和品种鉴定具有实际意义。
关键词
辣椒
; SSR; SRAP;
遗传多样性
;
指纹图谱
Analyses of Genetic Diversity and Fingerprint of 48 Local Capsicum Varieties by
SSR and SRAPMarker Techniques
He Jianwen
1
, Yang Wenpeng
2,3
, Jiang Hong
1
, Han Shiyu
1
, Yang Hong
1
1. Guizhou Institute of Capsicum, Zunyi, Guizhou, 563006, P.R. China
2. Guizhou Institute of Upland Food Crops, Guiyang, Guizhou, 550006, P.R. China
3. Guizhou Key Laboratory of Agricultural Biotechnology, Guizhou, 550006, P.R. China
Corresponding author, ywpmaize@126.com;
Authors
Abstract
For the purpose of assessing genetic diversity and protecting intellectual-property rights of capsicum germplasm resource,
molecular marker polymorphism and clustering analyses and digital fingerprinting of 48 local capsicum varieties were conducted by
using SSR and SRAP molecular marker techniques. The results were as follows
：
1. Between two varieties of ZYCTJ and J1, 15 of 75
SSR markers and PCR amplified loci by 11 of 30 pairs of SRAP-PCR primer
were polymorphic.
Among 48 local
capsicum varieties
, averagely,
the
15 SSR markers could detect
2.7 alleles
with
an average value 0.54 of
PIC (
polymorphic
information content), and the 11 SRAP markers (corresponding to the 11 pairs of SRAP PCR primer combinations) could detect 16
alleles with an average PIC of 0.85. It is obvious that genetic diversity of the 48 varieties were relatively abundant. 2. The 48
varieties were divided into 6 groups based on SSR marker data, 7 groups based on SRAP marker data and 5 groups based on
SSR+SRAP marker data, using clustering analysis. The clustering results were at a certain extent related to fruit type, and the
clustering based on SSR+SRAP markers was most suitable to the fact. 3. Digital fingerprints of 48 local capsicum varieties were
established by using the 15 SSR and 11 SRAP markers. Probability that a variety has a fully same fingerprint is very low in the
digital fingerprints, and hence they can be used for protecting intellectual-property rights and identifying capsicum varieties. By sift
of those markers via clustering analysis, using only 6 SSR markers of CA514272, Hpms2-21, Hpms1-69, CA516439, Hpms1-139
and BM61910 or 2 SRAP markers of me1+em7 and me2+em8, the 48 capsicum varieties could be identified. The above