王鹏凯等
            
            
              , 2011,
            
            
              鹅掌楸属植物高质量基因组
            
            
              DNA
            
            
              提取方法研究
            
            
              ,
            
            
              分子植物育种
            
            
              Vol.9 No.28 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0028)
            
            
              1207
            
            
              局限性。随着提取技术的发展,基于高效核酸吸附
            
            
              柱的核酸提取试剂盒出现,大大提高了核酸提取效
            
            
              率。但是核酸吸附柱同样会受到次生代谢物质的干
            
            
              扰而降低吸附效率与特异性,影响了核酸提取试剂
            
            
              盒的适用范围。本文使用的
            
            
              PEG
            
            
              漂洗液可以有效去
            
            
              除植物组织中的次生代谢物保证后续提取步骤顺
            
            
              利进行。
            
            
              PEG
            
            
              漂洗液可以加强常规提取方法的提取
            
            
              效果,增加其适用性。同时该漂洗液与核酸提取试
            
            
              剂盒配合使用表现良好,大大增加了试剂盒的性能
            
            
              和适用范围。结合本文结果和桉树
            
            
              (
            
            
              黄真池等
            
            
              , 2010)
            
            
              等植物
            
            
              DNA
            
            
              提取来看,
            
            
              PEG
            
            
              漂洗液与核酸提取试剂
            
            
              盒配合使用可从大部分富含次生代谢物的植物中
            
            
              提取高纯度的核酸,使得植物提取核酸更加方便,
            
            
              快捷,省略了核酸提取方法的摸索过程,提高了实
            
            
              验效率。
            
            
              3
            
            
              材料与方法
            
            
              3.1
            
            
              材料与试剂
            
            
              鹅掌楸、北美鹅掌楸、杂交鹅掌楸萌动幼芽和
            
            
              幼叶。
            
            
              2
            
            
              ×
            
            
              CTAB
            
            
              提取液:
            
            
              20 g/L CTAB
            
            
              ,
            
            
              1.4 mol/L
            
            
              NaCl
            
            
              ,
            
            
              20 mmol/L EDTA (pH=8.0)
            
            
              ,
            
            
              100 mmol/L
            
            
              Tris-HCl (pH=8.0)
            
            
              ,
            
            
              5 g/L PVP
            
            
              ,
            
            
              2% β
            
            
              -巯基乙醇
            
            
              (
            
            
              用
            
            
              前加入
            
            
              )
            
            
              。
            
            
              PEG
            
            
              漂洗液:
            
            
              5 mmol/L EDTA (pH=8.0)
            
            
              ,
            
            
              50
            
            
              mmol/L Tris-HCl (pH=8.0)
            
            
              ,
            
            
              350 mmol/L
            
            
              山梨醇,
            
            
              10%
            
            
              PEG8000
            
            
              ,
            
            
              1% β
            
            
              -巯基乙醇
            
            
              (
            
            
              用前加入
            
            
              )
            
            
              。
            
            
              PEG
            
            
              法裂解液:
            
            
              5 mmol/L EDTA (pH=8.0)
            
            
              ,
            
            
              50 mmol/L Tris-HCl (pH=8.0)
            
            
              ,
            
            
              350 mmol/L
            
            
              山梨醇,
            
            
              710 mmol/L NaCl
            
            
              ,
            
            
              0.1%
            
            
              月桂酰基肌氨酸钠,
            
            
              1%
            
            
              CTAB
            
            
              ,
            
            
              2% β
            
            
              -巯基乙醇
            
            
              (
            
            
              用前加入
            
            
              )
            
            
              。
            
            
              DNeasy Plant Mini Kit (
            
            
              购于
            
            
              QIAGEN
            
            
              公司
            
            
              )
            
            
              。
            
            
              新型快速植物基因组
            
            
              DNA
            
            
              提取试剂盒
            
            
              (
            
            
              购于
            
            
              BioTeke
            
            
              公司
            
            
              )
            
            
              。
            
            
              其他试剂:
            
            
              3 mol/L NaAc (pH=5.2)
            
            
              ,
            
            
              5 mol/L
            
            
              KAc
            
            
              ,
            
            
              7.5 mol/L NH
            
            
              4
            
            
              Ac
            
            
              无水乙醇,异丙醇,氯仿-
            
            
              异戊醇
            
            
              (24:1)
            
            
              ,水饱和酚,
            
            
              75%
            
            
              乙醇,
            
            
              100 mg/ml
            
            
              RnaseA (sigma)
            
            
              ,
            
            
              5
            
            
              ×
            
            
              TBE
            
            
              ,琼脂糖,无菌水。
            
            
              3.2 DNA
            
            
              提取方法
            
            
              CTAB
            
            
              法参照马明
            
            
              (
            
            
              马明等
            
            
              , 2007)
            
            
              文章中步骤
            
            
              进行。
            
            
              PEG
            
            
              法参照
            
            
              Kobayashi N (Kobayashi N et al.,
            
            
              1998)
            
            
              等文章中步骤进行:样品液氮研磨后加入
            
            
              PEG
            
            
              漂洗液洗涤三次,离心收集沉淀加入裂解液
            
            
              65
            
            
              ℃裂
            
            
              解
            
            
              45 min
            
            
              后离心取上清;氯仿-异戊醇
            
            
              (24:1)
            
            
              抽提后
            
            
              加入体积异丙醇沉淀;收集沉淀用
            
            
              75%
            
            
              乙醇洗涤沉
            
            
              淀两次,风干后溶于水中。
            
            
              DNeasy Plant Mini Kit (QIAGEN)
            
            
              和新型快速
            
            
              植物基因组
            
            
              DNA
            
            
              提取试剂盒
            
            
              (BioTeke)
            
            
              按试剂盒说
            
            
              明书进行。
            
            
              3.3 PEG
            
            
              漂洗液配合使用法
            
            
              将样品用
            
            
              PEG
            
            
              方法中的
            
            
              PEG
            
            
              漂洗液漂洗三次后
            
            
              再使用
            
            
              CTAB
            
            
              法、
            
            
              QIAGEN
            
            
              试剂盒和
            
            
              BioTeke
            
            
              试剂盒
            
            
              提取基因组
            
            
              DNA
            
            
              。
            
            
              3.4 DNA
            
            
              溶液纯度、浓度测定及完整性分析
            
            
              将得到的
            
            
              DNA
            
            
              溶液取
            
            
              2 µl
            
            
              用
            
            
              Nanodrop 2000c
            
            
              (Thermo)
            
            
              测定波长
            
            
              260 nm
            
            
              的
            
            
              OD
            
            
              值以及
            
            
              OD
            
            
              260
            
            
              /OD
            
            
              280
            
            
              和
            
            
              OD
            
            
              260
            
            
              /OD
            
            
              230
            
            
              比值;用
            
            
              1%
            
            
              琼脂糖凝胶电泳检测
            
            
              DNA
            
            
              的完整性。
            
            
              作者贡献
            
            
              王鹏凯是本研究的实验设计和实验研究的执行人;王
            
            
              鹏凯、陈金慧完成实验设计,试验结果分析,数据分析,论
            
            
              文初稿的写作和修改;肖娇参与实验过程;施季森是项目的
            
            
              构思者及负责人,指导实验设计,数据分析,论文写作与修
            
            
              改。全体作者都阅读并同意最终的文本。
            
            
              致谢
            
            
              本研究由本项目得到国家自然基金
            
            
              (30901156)
            
            
              、国家自
            
            
              然基金重点项目
            
            
              (30930077)
            
            
              、国家林业局
            
            
              948
            
            
              引进项目
            
            
              (20094
            
            
              -
            
            
              24
            
            
              -
            
            
              )
            
            
              资助。感谢两位匿名的同行评审人的评审建议
            
            
              和修改建议。本文中提到了我们实验中涉及的有关试剂供应
            
            
              商,这并非我们为这些试剂供应商和测序服务商的产品和服
            
            
              务提供推荐或背书。
            
            
              参考文献
            
            
              Breeding group of Nanjing Institute of Forest Products Industry,
            
            
              1973, Breeding of
            
            
              L. chinense
            
            
              ×
            
            
              L. tulipifera
            
            
              , Linye
            
            
              Shiyong Jishu (Forest Science and Technology), 12: 11-10
            
            
              (
            
            
              南京林产工业学院林学系育种组
            
            
              , 1973,
            
            
              亚美杂种马挂
            
            
              木的育成
            
            
              ,
            
            
              林业实用技术
            
            
              , 12: 11-10)
            
            
              Cai X., and Hu Z.H., 2000, Comparative studieson oil cell sin
            
            
              the leaves of 14 speciesof magnol iaceae, Wuhan
            
            
              Zhiwuxue Yanjiu (journal of wuhan botanical research),