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蔡秋华等
, 2011,
利用
SSR
分子标记评价高代恢复系及遗传多样性分析
,
分子植物育种
Vol.9 No.17 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0017)
1125
复系资源。
多数研究表明，实验中选取的
SSR
引物对聚类
分析的结果有很大影响，肖小余等
(2006)
提出引物
虽然用得越多越好，但存在成本和效率等问题。本
实验选取水稻新品种鉴定的
24
对
SSR
引物，所选
引物对于水稻种质资源多态性筛选具有一定的代
表性，能够对
27
份高代恢复系材料进行较好的多
态性评价，成本较低，工作量相对较少，效率较高。
通过
SSR
分子标记筛选得到的具有较大遗传差异
的株系在配组杂交组合后，其
F
1
代的综合性状及产
量潜力是否能够符合当前生产所需还有待进一步
验证。
3
材料与方法
3.1
供试材料
选取通过复合杂交
(
航
2
号诱变
M2/
粳稻
//
优良
恢复系亲本明恢
63)
后代系谱法选择加代至
8~10
代
农艺性状稳定的
27
份株系
(
编号
HA01
-
HA27)
。
3.2
基因组
DNA
提取
将
27
份高代恢复系材料各取
100
粒种子种植
至
3
叶期，每份材料单株取同等大小的叶片混合磨
样，采用
CTAB
法提取水稻基因组
DNA
。利用
BECKMAN DU800
检测所提取的
DNA
浓度及质
量，并将
DNA
浓度统一调整为
50 ng/µL
。
3.3 SSR
分析
选取水稻新品种鉴定用的
24
对
SSR
引物
(
由上
海生工生物工程有限公司合成
)
进行
SSR
分析
(
庄杰
云等
, 2006)
。
PCR
反应体系为
10
µ
L
：
10×PCR Buffer
(Mg
2+
free) 1
µ
L
，
MgCl
2
(2 mmol/
µ
L) 0.6
µ
L
，
dNTPs
(1 mmol/
µ
L) 0.4
µ
L
，上下游
SSR
引物
(10
µ
mol/
µ
L)
各
0.25
µ
L
，
DNA
模板
(50 ng/
µ
L) 0.8
µ
L
，
Taq
酶
1 U
，
不足部分用
ddH
2
0
补足
(PCR
试剂购自
Takara
公
司
)
，应用
BIO-RAD PTC
-
100 PCR
仪进行扩增。反
应程序如下：
94
℃预变性
5 min
，
94
℃变性
1 min
，
55
℃退火
1 min
，
72
℃延伸
2 min
，重复
35
个循环，
72
℃延伸
7 min
，保存
4
℃。
PCR
产物在
8%
聚丙烯
酰胺凝胶上
120V
恒压电泳
90 min
。用荧光染料
Genefinder (
购于厦门百维信生物科技有限公司
)
在
摇床上染色
20 min
，最后在
BIO-RAD
凝胶成像系
统上拍照，记录电泳结果。
3.4
数据分析
标记
SSR
扩增片段大小，建立
1
，
0
数据库，
在相同迁移位置上，有带的记为
1
，无带记为
0
，
缺失的记为
9
。按照
DNA
分子标记数据分析方法，
将
SSR
标记作为等位基因进行多态性分析，每扩增
得到的一条带记为一个性状，处理数据。
SSR
位点
的多态信息含量
PIC=1
-
∑f
i
2
计算，
f
i
表示第
i
位点
的基因频率。采用
NTSYS2.10
数据分析软件进行
SHAN
聚类分析。
作者贡献
蔡秋华和陈锦文是本研究的执行人；蔡秋华和陈锦文及
王颖姮完成数据分析，论文初稿的写作；朱永生、吴方喜、
谢鸿光参与实验设计，试验结果分析；张建福和谢华安是项
目的构思者、负责人和实验设计，数据分析，论文写作与修
改。全体作者都阅读并同意最终的文本。
致谢
本研究由国家
“863”
项目
“
高产优质多抗水稻分子品种
创制
(2006AA100101)”
、
“
强优势水稻杂交种的创制与利用
(2009AA101101)”
， 福 建 省 国 家 项 目 配 套 资 金 项 目
(F2006AA100101)
和福建省农业科学院创新团队之一项目
(STIF-Y04)
共同资助，在此表示感谢！
参考文献
Qian Q., 2007, Design breeding of rice gene, Science Press,
Beijing, China, pp.6 (
钱前
,
编著
, 2007,
水稻基因设计
育种
,
科学出版社
,
中国
,
北京
, pp.6)
Gan X.Y., Li M., Guan Y.J., Chen X.J., and Song Y.X., 2009,
Genetic diversity of 89
Japonica
Rice varieties in Ningxia
province by using SSR, Xibei Zhiwu Xuebao (Acta
Botanica Boreali-Occidentalia Sinica), 29(9): 1772-1778
(
甘晓燕
,
李苗
,
关雅静
,
陈晓军
,
宋玉霞
, 2009,
宁夏
89
份粳稻种质遗传多样性的
SSR
分析
,
西北植物学报
,
29(9): 1772-1778)
Wang Y.H., Zhu Y.S., Wu F.X., Cai Q.H., Liao C.J., Zheng Z.,
Zheng J.T., Zhang J.F., and Xie H.A. 2009, Genetic
diversity analysis with SSR markers for main restorelines
of hybrid rice, Fenzi Zhiwu Yuzhong(Molecular Plant
Breeding), 7(2): 279-282(
王颖姮
,
朱永生
,
吴方喜
,
蔡
秋华
,
廖长见
,
郑钊
,
郑家团
,
张建福
,
谢华安
, 2009,
杂交水稻骨干恢复系的遗传多样性分析
,
分子植物育
种
, 7(2): 279-282)
Bai Y., 2007, DNA molecular marker technology and its
applications, Anhui Nongye Kexue (Journal of Anhui Agri.
Sci.), 35(24): 7422-7424 (
白玉
, 2007, DNA
分子标记技