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高东等 , 2011, 元阳箐口村哈尼梯田水稻品种 SSR 遗传多样性分析 , 分子植物育种(online) Vol.9 No.118 pp.1857-1863
(doi: 10.5376/ mpb.cn.2011.09.0118)
1862
份，是由于在发芽的过程中，其中最后 1 份发芽失
败，表中用灰色显示。
3.2 DNA 抽提及 PCR 检测
每份材料取 10 株，CTAB 法混合抽提全基因
组 DNA (Song et al., 2003)。每条染色体筛选 1 对多
态性高的 SSR 引物，共计 12 对 (RM220, RM208,
RM16, RM335, RM289, RM253, RM234, RM210,
RM219, RM228, RM206 和 RM235)用于评估供试材
料的遗传多样性。在 Mastercyder Gradiet PCR 仪
(Eppendorf 5333 型 ) 上进行 PCR 反应，反应程序
为：94℃ 预变性 2min，94℃ 40 s，55℃ 30 s，72℃ 40 s，
36 个循环， 72℃延伸 10 min。反应体系包含 1×
Buffer，0.2 mmol/L dNTP (每一成分均为 0.2 mmol/L)，
1 µmol SSR 引物，50 ng 模板 DNA 及 1 U Taq 酶
(TaKaRa InC.)，共计 20 µL。6%的聚丙烯酰胺变性
胶分离 PCR 产物，凝胶规格为 195 mm× 120 mm
×1 mm (长×宽×厚)。上样前，加等体积上样缓冲
液，震荡与 PCR 产物混匀，95℃下变性 5 min。电
泳后剥胶、染色、显影(高东等, 2009a)。
3.3 数据处理
参照 Marker (DL2000)，采用基因型统计条带
法，纯合条带记为“AA”、“BB”和“CC”等，杂
合条带记为“AB”、“AC”和“BC”等。每位点检
测到的等位基因数(Na, Observed number of alleles)、
有效等位基因数 (Ne, Effective number of alleles,
Kimura and Crow, 1964) 、期望纯合度(Exp_Hom,
expected homozygosty, Levene, 1949)、期望杂合度
(Exp_Het, expected heterozygosity, Levene, 1949)、
Shannon 指 数 (I, Shannon's information index,
Lewontin 1972)等参数用于供试材料的遗传多样性
估计。以上参数用 POPGENE(Yeh et al., 1999)进
行分析，按照标准遗传距离和遗传相似系数计算
两份材料间的遗传差异。采用非加权平均数
(UPGMA)，依据遗传相似系数应进行聚类分析，
运行 NTSYS 程序 (Rohlf, 1997) 软件，绘制供试材
料的系统进化树。
作者贡献
高东是本研究的实验设计和实验研究的执行
人；高东、李锐及杨木青完成数据分析，论文初稿
的写作；何霞红参与实验设计，试验结果分析；高
东是论文的构思者及负责人，指导实验设计，数据
分析，论文写作与修改。全体作者都阅读并同意最
终的文本。
致谢
本研究由国家重点基础研究发展计划(973 项目 ) 课题
(2011CB100400)资助。
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