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分子植物育种
(
网络版
), 2011
年
,
第
9
卷
,
第
1807
-
1817
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2011, Vol.9, 1807
-
1817
http://mpb.
5th
.sophiapublisher.com
1807
评述与进展
Reviews and Progress
植物
SNP
的开发研究进展
洪彦彬
,
李杏瑜
,
梁炫强
广东省农科院作物研究所，国家油料作物改良中心南方花生分中心
,
广州
, 510640
通讯作者
: liang804@yahoo.com
；
作者
分子植物育种
, 2011
年
,
第
9
卷
,
第
111
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0111
收稿日期：
2011
年
08
月
24
日
接受日期：
2011
年
09
月
01
日
发表日期：
2011
年
10
月
25
日
这是一篇采用
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,
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引用格式
(
中文
)
：
洪彦彬等
, 2011,
植物
SNP
的开发研究进展
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.111 pp.1807-1817 (doi: 10.5376/mpb. cn.2011.09.0111)
引用格式
(
英文
)
：
Hong et al., 2011, Advance on developing SNP marker in plants, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding) Vol.9 No.111 pp.1807-1817
(doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0111)
摘
要
植物单核苷酸多态性
(SNP)
研究正日益受到重视。然而，尽管在遗传变异、连锁作图、群体结构分析、关联分析、
图位克隆和植物育种研究上需要大量
SNP
，对多数植物而言，当前可用的
SNP
数量
仍
少之又少。本文概述了当前植物的
SNP
标记开发现状，并对将来植物
SNP
开发进行了展望。
关键词
单核苷酸多态性
;
植物
;
开发
Advance on Developing SNPMarker in Plants
Hong Yanbin , Li Xingyu , Liang Xuanqiang
Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences; South China Peanut Sub-Center, National Center of Oilseeds Crop Improvement,
Guangzhou, 510640, P.R., China
Corresponding author, liang804@yahoo.com;
Authors
Abstract
In many plants, single nucleotide polymorphism (SNP) markers are becoming more and more important among marker
systems. However, although studies regarding genetic variation, linkage mapping, population structure analysis, association genetics,
map-based gene isolation, and plant breeding need a large number of SNP, for many plants the number of currently available SNP is
very low. This review summarizes the current status of SNP marker development technologies for plants and provide an outlook into
the future regarding possible SNP identification approaches in plants.
Keywords
SNP; Plant; Development
1
前言
分子标记广泛应用于植物遗传育种研究，对基
因或染色体片段的标记辅助选择有利于提高品种
选育效率
(Francia et al., 2005)
。根据质量性状基因在
遗传图谱中的位置，利用分子标记能对其进行分离
(Jander et al., 2002)
，而对于受多因子控制的性状，
通过分子标记可鉴定每个因子，包括遗传因子和环
境因子
(Cooper et al., 2009)
。此外，在植物遗传研究
中，分子标记也常用于分析群体结构、进化关系以
及模式植物全基因组水平的个体遗传结构
(Bomblies and Weigel, 2007)
。
近年来，单核苷酸多态性
(single nucleotide
polymorphism, SNP)
研究备受关注
(Shi et al., 2009)
。
由于个体间核苷酸序列存在很大差异，
SNP
的数量
几乎是无限的，且每个
SNP
也可能是潜在的有用标
记。
SNP
标记的潜力已在人类基因分型中得到很好
展示。随着科研经费的大量投入，目前已从人类基
因组序列中开发出几百万个
SNP
标记
(International
HapMap Consortium et al., 2007)
，并发展出能同时
检测上百万个
SNP
位点的技术。这使得通过全基因
组扫描分析特定性状与标记的关联性成为可能，也
就是所谓的全基因组扫描
(whole-genome scanning,
WGS)
、全基因组关联分析
(genome-wide association
studies, GWAS)
、或关联遗传学
(association genetics)
( McCarthy et al., 2008)
。
SNP
标记已广泛应用于人类和动物基因组分
析，但在植物
上
仍处于起步阶段。植物关联分析要
求同时检测上千个标记和成百上千个群体单株，除