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田术美等
, 2011, 56
份大白菜种质资源的
SSR
遗传多样性分析
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.109 pp.1791-1798 (doi: 10.5376/mpb. cn.2011.09.0109)
1797
中筛选出了
20
对扩增效果、多态性和重复性都比
较好的引物
(20
对引物信息见表
2)
。
将各材料
DNA
稀释至
10 ng/μL
，进行
PCR
反应，
反应体系总体积为
15 μL
：
10×
Taq
Buffer with KCl
1.5 μL, 0.025 mol/L MgCl
2
1.5 μL
，
2 mmol/L dNTPs
0.95 μL
，
1 U/μL
Taq
酶
1 uL
，
66 mg/L
引物
1 μL
，
10 mg/L
模板
DNA 8 μL
，
ddH
2
O 1.05 μL
。
PCR
反应
程序为：
95
℃
预变性
5 min
；
94
℃
变性
30 s
，
50
℃
退
火
45 s
，
72
℃
延伸
45 s
，共
34
个循环；
72
℃
延伸
10 min
后
4
℃
保存
(
注
:
不同引物退火温度不同
)
。
3.2.3
电泳分析及数据统计
用
5%
的变性聚丙烯酰胺凝胶，在
0.5×TBE
缓冲
条件下，恒功率
50W
电泳
90 min
。电泳结束后，胶
板经固定、银染、显影后自然晾干，胶板晾干后在
X
线胶片观察灯下拍照并统计条带。条带清晰记为
“1”
，同一位置没有条带则记为
“0”
，缺失记为
“2”
，
生成
“0”
和
“1”
组成的原始矩阵。采用
UPGMA
法在软
件
NTSYSpc2.11
进行聚类分析。
表
2
多态性引物信息
Table 2 Polymorphism prime information of SSR used in the study
引物序列
Primer Sequence
引物编号
Primer
code
正链
Forward primer
反链
Reverse primer
有效等位
基因
Alleles
退火温度
Annealing
temperature
5
TCTTCAGGGTTTCCAACGAC
AGGCTCCTTCATTTGATCCC
4
45
℃
6
TCGGCGATGGCTCTTTTCACC
AAGGATCGTTCAGCGGAGAGTAT
3
52
℃
9
CTGGTGATGGAGACGCTATTA
ACTGTCCCAAAACCGCCTCTC
3
52
℃
15
CTTCCAGTAGCCATTGTTGA
ATCGGGTTTTATACTCCTGAA
4
45
℃
17
GACGCCTCAATTGCTTACTT
AGGGAATGAGGATGGGTCTG
2
52
℃
19
CCATCTGTTGAGAGCTTCTTCTTC
AAGTTCATTTGCTCCGATGC
3
52
℃
26
CCTCCTCCTCAGACTTACACT
TCACATCCACCATAACCTTT
3
45
℃
27
GGCACAATCCACTCAGCTTT
CCCAAACGCTTTTGACACAT
3
52
℃
29
TACGCTTGGGAGAGAAAACTAT
CTGCTCGCATTTTTTATCATAC
3
52
℃
33
AGTTGGCCCCATTTCATTGTTAT
CATCTTGACGGCCTCCATCTCCA
4
50
℃
35
GCGGCAAAAACGGGCTCATTA
CTCTCCGGCTTCTTCCTCACCTCT
3
50
℃
39
CCGAGGAAGAAAGCTGTTGAGTTG
ATCGCTTCCGTAGACACCTTCGTT
2
52
℃
40
GGCACGTACATGGAGGATTC
TGTTGGTCGAGCTGTTTCAG
3
52
℃
41
AAGTTACCAAGGAGAGGACAG
AAAGGGACGCTACAAGTCA
3
52
℃
46
CAAACTCCCCCAGATCCCCAAACC
CGAGCGCGAACATGAGGAAGAGAA 3
50
℃
49
TTCCGTCCCTTCCCTAAACA
GAACACTACTGCCCAGAGAACAC
2
50
℃
50
TTCCGTCCCTTCCCTAAACAA
TGAACACTACTGCCCAGAGAACAC
2
50
℃
52
CGTCCGCTCAAATCGCATCTGTA
AGGTTGTGAGGGGTCTGGA
3
50
℃
53
CACGCGTCCGCACAAATAAAC
TGAGCCGGCGAAGACAAAGAT
2
50
℃
57
TGGCTCGAATCAACGGAC
TTGCACCAACAAGTCACTAAAGTT
3
50
℃
作者贡献
田术美、张清霞是本研究的实验设计和实验研究的执行
人；田术美完成数据分析，论文初稿的写作；司朝光、张淑
霞、王媛参与实验设计，试验结果分析；杨晓云是项目的构
思者及负责人，指导实验设计，数据分析，论文写作与修改，
是本文的责任作者
(
通信作者
)
。全体作者都阅读并同意最终
的文本。
致谢
此论文由山东省现代农业产业技术体系蔬菜创新团队
建设任务资助，感谢青岛市农业科学研究院张晓艳博士在本
实验过程中的技术指导和有益的建议。
参考文献
Gupta P.K., and Varshney R.K., 2000, The development and
use of microsatellite markers for genetic analysis and plant