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基因组学与生物技术
(
网络版
)
Jiyin Zuxue Yu Shengwu Jishu (Online)
4
ghi et al., 1969; Bender and Chu, 1964)
；普通树鼩
(
Tupaiaglis
)
和长脚树鼩
(
Tupaialongipes
)
的
2n=60
(Arrighi et al., 1969; Hsu and Johnson, 1963; Bender
and Chu, 1964)
；北方树鼩之中国亚种
(
Tupaiabelan-
gerichinensis
)
，越北亚种
(
Tupaiabelangeritonquinia
)
和瑶山亚种
(
Tupaiabelangeriyaoshanensis
)
的染色
体数目均为
2n=62 (
刘瑞清等
, 1989)
；倭树鼩
(
Tup-
aia minor
)
的
2n=66 (Arrighi et al., 1969)
；山树鼩
(
Tupaiamontana
)
的
2n=68 (Arrighi et al., 1969; Lisco
et al., 1973)
。
2
中国树鼩基因组概况
最新的树鼩全基因组测序数据于
2013
年
2
月
5
日在线发表在国际著名学术期刊《
Nature Comm-
unications
》上，论文题目为《
Genome of the Chinese
Tree Shrew
》。
Yao
和他的研究组利用一只来自中国
云南昆明的雄性北方树鼩
(
Tupaiabelangerichinensis
)
测序了其全基因组，总覆盖度高达
79x
，获得了一
个基因组大小为
2.86 GB
的参考基因组
(
表
1)
，接近
由
K-mer
计算估算的
3.2 GB
的基因组大小。树鼩
基因组大约含有
22,063
蛋白编码基因，接近人类基
因数量；在基因组中含有
35%
的重复元件以及
14%
的重要的转座子。
3
树鼩重要功能基因
树鼩基因组大约含有
22 063
蛋白编码基因。
树鼩基因组中的一些基因家族发生了扩张
(
图
1)
，
例如免疫球蛋白
λ
轻链
(IGLV)
基因家族等；出现了
一些假基因和基因丢失现象，比如前列腺特异性转
谷氨酰酶
4
基因
(TGM4)
；树鼩基因组中缺失
DDX58
基因，该基因功能的缺失，表明免疫反应
的中断可能在造成丙肝感染中具有重要作用；一些
重要功能基因出现了提前终止或者移码突变以致
基因功能丧失，如细胞防御酸刺激的
NOX1
基因
的假基因化。
表
1
中国树鼩基因组的总体统计
(
摘自
: Fan et al., 2013)
Table 1 Global statistics of the Chinese tree shrew genome (Adopted from Fan et al., 2013)
插入片段
(bp)
Insert size (bp)
数据总量
(Gb)
Total data (Gb)
序列覆盖率
(X)
Sequence coverage (X)
(a)
测序
Sequencing
配对末端库
Paired-end library
170–800 bp
2–40×10
3
187.09
66.36
58.47
20.74
总计
Total
253.45
79.20
N50 (Kb)
最长片段
(Kb)
Longest (Kb)
大小
(Gb)
Size (Gb)
(b)
组装
Assembly
重叠群
Contig
22
188
2.72
支架
Scaffold
3 656
19 270
2.86
数量
Number
总长
(Mb)
Total length (Mb)
基因组的比例
(%)
Percentage of genome (%)
(c)
注释
Annotation
重复数
Repeats
4 843 686
1001.9
35.01
基因
Genes
22 063
743.4
25.98
编码
DNA
序列
CDS
166 392
31.0
1.08