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分子植物育种(网络版)
,
2011
年
,
第
9
卷
,
第
1017
-
1030
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2011, Vol.9, No.1017
-
1030
http://mpb.
5th
.sophiapublisher.com
1017
水稻基因命名法系统
翻译
:
巩鹏涛
译者单位
:
东北林业大学盐碱地研究中心
;
海南省农作物分子育种重点实验室
分子植物育种
, 2011
年
,
第
9
卷
,
第
3
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0003
收稿日期：
2010
年
10
月
12
日
接受日期：
2010
年
12
月
01
日
发表日期：
2011
年
01
月
19
日
本文首次以英文发表在
Rice
开放取阅期刊上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用
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对其进行授权，用
中文再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用
,
版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。如果读者对中文含义理解有歧义，请以英文原
文为准。
引用格式：
Susan R. McCouch & CGSNL (Committee on Gene Symbolization, Nomenclature and Linkage, Rice Genetics Cooperative), 2008, Gene Nomenclature
System for Rice, Rice, 1(1):72-84 (doi:10.1007/s12284-008-9004-9)
Gene Nomenclature System for Rice
Susan R. McCouch
1
, CGSNL (Committee on Gene Symbolization, Nomenclature and Linkage, Rice Genetics
Cooperative)
2
1. Department of Plant Breeding and Genetics, Cornell University, 162 Emerson Hall, Ithaca, NY 14853-1901, USA
2. International Rice Research Institute (IRRI), DAPO Box 7777, Metro Manila, Philippines
Corresponding author, srm4@cornell.edu;
Authors
Rice, 1(1):72-84, doi : 10.1007/s12284-008-9004-9
本文完整的电子版本可以从以下网址获得
研究背景
生物学界一直梦想有一套统一的基因命名系
统。目前已经有多个基因命名法系统来描述：拟南
芥
(
TAIR, 2005
)
、番茄
(http://www.sgn.cornell.edu/
documents/solanaceae-project/docs/tomato-standards.
pdf)
、玉米
(http://www.maizegdb.org/maize_nome-
nclature.php)
、苜蓿
nd Frugoli, 2001
)
、
酵 母
(http://www.yeastgenome.org/gene_guidelines.
shtml)
、小鼠
(
MGNC,
http://www.informatics.
jax.org/mgihome/nomen/)
和人类
t al., 2004)
。一
种跨越不同物种间通用遗传语言的使用将是科学
界的一个巨大进步，将极大的便利于物种间的基
因和遗传变异的结构、功能和进化比较。随着对
基因和基因产物分子和生化特性的重视，建立一
套能反映特定基因、基因模型或基因家族生化特
点和在特定遗传背景下一个特定等位基因的表型
结果的水稻基因命名法系统，显然十分重要。
目前水稻基因名称和基因符号规则是基于水
稻遗传协作组织
(CGSNL)
中的基因符号、命名法和
连锁委员会
986)
的建议制定的。绝大多
数早期的基因命名和符号是对可见表型的描述，为
该基因的存在提供最早的证据，这些基因名称和符
号被水稻研究领域普遍使用。随着水稻全基因组测
序的完成
(IRGSP, 2005)
，和新的鉴定、定义和描述
基因的新方法不断涌现，概述一套描述基因的标准
程序的命名法系统成为了迫切需要，描述是以生化
特性和
DNA
，
RNA
和蛋白序列分析
t al.,
1991)
，及以前规范基因和表型联系的规则
986)
为基础。
本文集中总结了水稻的基因命名法规则，尽一
切可能来在水稻基因命名法系统和其他模式物种
的之间协调一致。本文种描述了一套染色体命名和
基于生物学功能、突变表型和序列鉴定座位、基因
和等位基因的规则，并就如何处理不同来源的多种
基因组组装注释种中的别名
(
同义名
)
、序列差异和
座位提出了建议。这个命名法规则是以原有的水稻
基因命名法系统
(
Kinoshita,
1986)
为基础的，但新的
命名法系统被扩展来吸收国际水稻基因组测序项目
(International Rice GenomeSequencing Project, IRGSP)
成员在两次水稻注释项目
(RAP)
会议
(RAP
-
1, 2004
年
12
月
,
日本
,
筑波
; RAP
-
2, 2005
年
12
月
,
菲律宾
,
马尼拉
)
总结的有关序列信息的建议。这些规则也已
经获得了水稻遗传协作组织中
CGSNL
小组委员会
的讨论通过
(http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/