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计算分子生物学(网络版), 2012 年, 第 1 卷, 第 4 篇, 第 23-28 页
Jisuan Fenzi Shengwuxue (Online), 2012, Vol.1, No.4, 23-28
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图 2 黑颈长尾雉 24 个个体之间相互关系的分支聚类图
Figure 2 The dendrogram of the 24 individuals of Syrmaticus
humiae
内个体的相似程度为 0.719 0。而多态位点的百分数
为 82.35%。相对其他物种来说，它的遗传变异水平
是较高的，如南美白对虾( P. vannamei) 的 4 个群体
和家系,测得的多态位点百分数是 58.75% (Garcia et
al., 1994)。罗非鱼种群内个体间的相似率分别是尼
罗罗非鱼为 0.730，莫桑比克罗非鱼为 0.78 和奥利
亚罗非鱼为 0.87 (Dinesh et al., 1996)。6 个鸡品种多
态率 84.30% ，各品种内遗传相似度范围分别为
0.798 1~0.868 5 (刘娣, 1999)，而滇金丝猴的个体间
的遗传距离只有 0.052，表明笼养滇金丝猴群体的
遗传多样性很低( 兰宏等, 1996)。因此，黑颈长尾雉
的圈养种群具有较高水平的遗传多样性。
供试的 24 只黑颈长尾雉个体主要聚成三个群
体，第二个群体里又分为几个小类群，并有分散的
7 号个体，总体比较分散。说明濒危雉类繁育基地
内的黑颈长尾雉可能来自不同的地理种群，这与种
源来源的实际相符合，该种群的亲代来自广西的隆
林、西林和金钟山保护区。黑颈长尾雉的遗传变异
水平较高，有助于黑颈长尾雉的生存与延续。通过
对圈养黑颈长尾雉遗传多样性的分析，可以评价黑
颈长尾雉种质资源的遗传学变化，为深入研究以及
制定和采取相应的管理和保护措施提供基础数据。
3 材料和方法
3.1 材料
在广西自治区林业厅与广西师范大学生科院
濒危雉类繁育基地随机从 F4~F9 子代的人工繁殖个
体中抽取 24 只黑颈长尾雉( Syrmaticus humiae)用于
实验分析。
3.2 基因组 DNA 的提取
基因组 DNA 的提取参照高盐法 ( 汪永庆等 ,
2001)，取黑颈长尾雉的新生羽毛 2~3 根 (马逸清和
李晓民, 2002; 丁长青, 2004) 。放入 1.5 mL 离心管
中，加入 400 μL DNA 提取缓冲液(10 mmol/L Tris-HCl,
pH 8.0; 2 mmol/L EDTA, pH 8.0; 400 mmol/L NaCl;
1% SDS)。将样品剪碎混匀后，加入 10 μL 的蛋白
酶 K (20 g/L)混匀，55℃消化 3~4 h (每 20 min 颠倒混
匀) 。加入 10 μL RNase (10 g/L)，37℃水浴 40~60 min。
加入 300 μL 6 mol/LNaCl，充分振荡混匀，12 000 r/min
离心 30 min，取上清液加入等体积的异丙醇，轻轻
混匀，-20℃ 沉淀 1 h，12 000 r/min 离心 15 min ，弃
上清，加入 600 μL 70%乙醇洗涤，12 000 r/min 离心
10 min ，弃上清。加入 600 μL 无水乙醇，12 000 r/min
离心 10 min，弃上清，自然干燥后加入无菌超纯水
30 μL 溶解。1%琼脂糖凝胶电泳检测，紫外分光光
度计测定浓度，稀释至一定浓度，-20℃保存备用。
3.3 RAPD-PCR 扩增反应
用总体积为 25 μL 的 PCR 反应体系，其中灭菌
双蒸馏纯净水 12 μL；含 2.5 μL 10×Buffer 2.5 μL；
250 μmol/L dNTP 2.5 μL； 1 mmol/L MgC12 2.5 μL；
2.5U Taq 酶 2 μL；0.1 μmol/L 引物 1.5 μL；25 ng DNA
2 μL。
PCR 反应条件是：预变性 (94 5 min)℃ ；变性
(94 1 min)℃ ；退火(40 1 min)℃ ，延伸 (72 1.5 min)℃ ，
共循环 45 次；最后进一步延伸(72 10 min)℃ 。
在 1%琼脂糖凝胶上对 PCR 扩增产物进行电泳
并染色，用紫外凝胶成像系统进行观察并照相。
3.4 分子数据记录与分析
根据 PCR 扩增产物的电泳结果，对在相同的迁
移率上出现与未出现进行标记，出现的记为“1”，未
出现的记为 “0” ，由此生成“0” 和 “1” 的原始矩阵
(Wang et al., 1997) 。并对每个引物扩增的总带数和
多态性带数进行统计。数据的聚类分析采用非加权
算术平均对数法(UPMGA 法 )，建立个体间的亲缘
关系树状图。用下列公式计算和分析黑颈长尾雉种
群的遗传多样性数值。
个体间遗传相似性指数 F：F=2Nxy/( Nx+Ny)，
式中，Nx 和 Ny 分别是个体 x 和 y 的扩增带数，Nxy
是个体 Nx 和 Ny 的共有带数，遗传距离 d=1 -F
(Lynch, 1990)。
多态位点比例 P=多态位点数／位点总数。
作者贡献
庾太林完成实验设计、论文统稿修改并参与实验；韩增
超参与实验全过程及论文初稿撰写；管清新、张良建及刘晓
辉协助实验及材料的采集。