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计算分子生物学(网络版), 2012 年, 第 1 卷, 第 3 篇, 第 16-22 页
Jisuan Fenzi Shengwuxue (Online), 2012, Vol.1, No.3, 16-22
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L. reuteri DSM 20016 之间的相关性极少(图 1A)；对
Firmicute 菌门的两个 C. botulinum 菌株(C. botulinum A
str. ATCC 19397 和 C. botulinum strain ATCC 3502)
的 tri-TPB 特征向量而言，它们间的相关系数达到
0.961，但它们与其远缘物种 M. synoviae 的 tri-TPB
特征向量之间的相关系数值却只有 0.074 (图 1B)。
这一 tri-TPB 特征向量的相似性，亦存在于具有多条
染色体的菌株之中(图 2)。例如，V. harveyi 菌株的
图 2 V. harveyi (A) 和 B. cenocepacia (B, C, D)菌株不同染色
体序列的特征 tri-TPB 向量的线性相关性分析
Figure 2 Linear correlation of characteristic tri-TPB vectors
among different chromosomes of V. harveyi (A) and B. cenocepacia
(B, C, and D)
条不同染色体基因的 tri-TPB 特征向量的相关系数
达到了 0.969 (图 2A) ，B. cenocepacia 菌株的三条染
色体之间也呈现出极佳的线性相关性(图 2B; 图 2B
C; 图 2B D)。上述结果与之前关于原核生物基因组
TUD 模式的研究结果相一致(Pride et al., 2003)。这提
示，基因组的最大 tri-TPB 分布是物种特异性的，它
可以刻画一个物种的特征。
我们的结果还表明，基因组 tri-TPB 特征分布
不依赖于 GC 含量的大小。尽管 H. pylori 菌株的远
缘物种 L. reuteri DSM 20016 具有和 H. pylori 菌株
相同的 GC 含量(38%)，但它们的最大 tri-TPB 分布
却不相似(图 1A) ；Firmicute 菌门的两个菌株 C.
botulinum A str. ATCC 19397 和 C. botulinum A str.
ATCC 3502 与它们的远缘物种 M. synoviae 的 GC 含
量均为 28% ，但后者与前两者之间也无相似的最大
tri-TPB 分布(图 1B)；另外，对通过人工构建的一条
与两个 H. pylori 菌株有着相同基因组大小和相同 GC
含量的随机 DNA 序列而言，它的 tri-TPB 特征向量
与两个 H. pylori 菌株的 tri-TPB 特征向量几乎没有
相关性(R2<0.01, 数据未提供)。
1.2 原核生物 tri-TPB 特征向量间的相似性随着物
种间进化距离的增加而减小
本研究展示了 E. coli str. K-12 substr. MG1655 与
不同分类级别物种内的菌株 tri-TPB 特征分布向量
间的相关性(图 3)。其中，A 组是 K-12 与同种内的其
图3 Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655分别与和它同
种, 同科, 同纲, 同门以及同界的不同菌株间tri-TPB特征向
量的平均相关程度
Figure 3 Average correlation coefficients of characteristic tri-TPB
vectors among E. coli str. K-12 substr. MG1655 and other
different strains within the same Species, Family, Class,
Phylum, and Kingdom with K-12 respectively