基本HTML版本
计算分子生物学
(
网络版
), 2012
年
,
第
1
卷
,
第
2
篇
,
第
7
-1
5
页
Jisuan Fenzi Shengwuxue (Online), 2012, Vol.1, No.2, 7
-
15
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10
表
1
细菌基因组三核苷酸转移概率矩阵间的欧几里徳距离
Table 1 The Euclidian distance of trinucleotide transition probability matrices of bacterial genomes
表
2
细菌基因组三核苷酸转移概率矩阵间的联合直方图散度
Table 2 The joint histogram divergence of trinucleotide transition probability matrices of bacterial genomes
L. lac
_MG
L. lac
_SK
L. lac
_I1
S. pyo
_M1
P. pen
_AT
S. aur
_US
A. met
_QY
L. lac
_MG
0
L. lac
_SK
35.674
0
L. lac
_I1
87.366
89.496
0
S. pyo
_M1
1
020.933
1
043.886
1
202.584
0
P. pen
_AT
1
090.625
1
111.164
1
193.150
1
230.305
0
S. aur
_US
1
291.842
1
311.779
1
324.448
1
475.062
1
062.187
0
A. met
_QY
2
305.814
2
344.976
2
570.574
1
586.869
1
916.826
1
768.208
0
表
3
物种基因组三核苷酸转移概率矩阵间的欧几里徳距离
Table 3 The Euclidian distance of trinucleotide transition probability matrices of bacterial genomes.
S. aur_
JH1
S. epi_
AT
S. pyo_
M1
S. pyo_
M9
S. aga_
26
L. lac_
MG
P. pen_
AT
A. ore_
Oh
S. aur_
JH1
0
S. epi_
AT
0.122
0
S. pyo_
M1
0.386
0.382
0
S. pyo_
M9
0.387
0.383
0.020
0
S. aga_
26
0.288
0.268
0.173
0.174
0
L. lac_
MG
0.389
0.379
0.291
0.292
0.267
0
P. pen_
AT
0.328
0.334
0.305
0.305
0.270
0.321
0
A. ore_
Oh
0.405
0.384
0.399
0.399
0.344
0.431
0.394
0
表
4
物种基因组三核苷酸转移概率矩阵间的联合直方图散度
Table 4 The joint histogram divergence of trinucleotide transition probability matrices of bacterial genomes.
S.aur_
JH1
S.epi_
AT
S.pyo_
M1
S.pyo_
M9
S.aga_
26
L.lac_
MG
P.pen_
AT
A.ore_
Oh
S. aur_
JH1
0
S. epi_
AT
476.659
0
S. pyo_
M1
1 460.841
1 771.400 0
S. pyo_
M9
1 465.781
1 767.048
26.995
0
S. aga_
26
1 062.527 932.606
549.594
541.027
0
L. lac_
MG
1 320.710
1 934.386
1 020.933
1 037.187
1 327.596
0
P. pen_
AT
1 043.516
1 377.373
1 230.305
1 231.175
1 094.646
1 090.625
0
A. ore_
Oh
1 839.600
1 758.309
1 938.365
1 934.658
1 516.067
2 265.351
2 028.414
0
2
讨论
通过寡聚核苷酸转移概率矩阵分析物种间的
进化关系，利用了全基因组的信息，能够真实地反
映物种的进化历史。本文提出的新方法，基于图像
配准技术，利用联合直方图比较物种之间的差异，
并引入联合直方图散度这一参数度量此差异，所得
结果具有更高的准确度及分辨力。无论是种以内的
近缘物种，还是目以上的远缘物种，该新方法都能
够有效地衡量它们之间的进化距离，这是因为联合
L. lac
_MG
L. lac
_SK
L
. lac_
I1
S. pyo
_M1
P. pen
_AT
S. aur
_US
A. met
_QY
L. lac
_MG
0
L. lac
_SK
0.044
0
L. lac
_I1
0.062
0.073
0
S. pyo
_M1
0.291
0.295
0.308
0
P. pen
_AT
0.321
0.324
0.324
0.305
0
S. aur
_US
0.392
0.396
0.390
0.392
0.334
0
A. met
_QY
0.382
0.388
0.397
0.320
0.349
0.372
0