基本HTML版本
计算分子生物
(
网络版
), 2012
年
,
第
1
卷
,
第
1
-
6
页
Jisuan Fenzi Shengwu (Online), 2012, Vol.1, 1
-
6
http://cmb.5th.sophiapublisher.com
1
研究报告
Research Report
植物甜蛋白马宾灵
(Mabinlin )
Ⅱ
的二级结构及其
B
细胞抗原表位预测
姚晶
1
,
顾文亮
1
,
夏启玉
2
,
胡新文
1
,
郭建春
2
1
海南大学农学院
,
海口
, 570228;
2
中国热带农业科学院热带生物技术研究所
,
海口
, 571101
通讯作者
: jianchunguoh@163.com;
作者
计算分子生物
, 2012
年
,
第
1
卷
,
第
1
篇
doi: 10.5376/cmb.cn.2012.01.0001
收稿日期：
2012
年
03
月
12
日
接受日期：
2012
年
05
月
18
日
发表日期：
2012
年
05
月
25
日
本文首次发表在《基因组学与医学生物学》
(2012
年第
31
卷第
2
期
154-159
页
)
上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用
Creative Commons
Attribution License
协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用
,
版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。
建议最佳引用格式：
引用格式
(
中文
)
：
姚晶等
, 2012,
植物甜蛋白马宾灵
(Mabinlin )
Ⅱ
的二级结构及其
B
细胞抗原表位预测
,
计算分子生物
(online) Vol.1 No.1 pp.1-6 (doi: 10.5376/cmb.cn.
2012.01.0001)
引用格式
(
英文
)
：
Yao et al., 2012, Prediction of the Secondary Structure and B Cell Epitopes of the Plant Sweet Protein Mabinlin
Ⅱ
, Jisuan Fenzi Shengwu (online)
(Computational Molecular Biology) Vol.1 No.1 pp.1-6 (doi: 10.5376/cmb.cn.2012.01.0001)
摘
要
马宾灵
(Mabinlin )
Ⅱ
是中国所特有的植物甜蛋白，在目前已知的七种植物甜蛋白中具有最佳的热稳定性，将其作为
新型甜味剂有着广阔的市场前景。本研究以马宾灵的氨基酸序列为基础，采用
Garnier-Robson
方法和
Chou-Fasman
方法预测
马宾灵的二级结构，采用
Karplus-Schulz
方法预测马宾灵的蛋白质骨架区柔韧性，采用
Kyte-Doolittle
方法预测马宾灵的蛋
白质疏水性，采用
Emini
方法预测马宾灵的蛋白质表面可能性，采用
Jameson-Wolf
方法预测马宾灵的
B
细胞抗原表位。分
析结果表明，马宾灵的
A
链多形成转角和无规则卷曲结构，
A
链的
N
端
27~30
区段形成较柔软的蛋白质骨架结构，
A
链的
N
端
4~6
、
7~9
、
10~11
、
12~14
、
20~22
、
23~26
和
30~33
区段为抗原位点的可能性较大；马宾灵的
B
链多形成
β
折叠和转角
结构，
B
链的
N
端
0~7
、
9~13
、
28~29
、
33~34
、
40~45
、
53~54
和
55~57
区段为抗原位点的可能性较大。本研究以生物信息
学手段分析预测马宾灵的二级结构及其
B
细胞抗原表位，为设计马宾灵多克隆抗体以检测马宾灵在不同生物反应器中的表
达研究提供参考数据。
关键词
植物甜蛋白
;
马宾灵
;
二级结构
; B
细胞抗原表位
Prediction of the Secondary Structure and B Cell Epitopes of the Plant Sweet
Protein Mabinlin
Ⅱ
Yao Jing
1
, Gu Wenliang
1
, Xia Qiyu
2
, Hu Xinwen
1
, Guo Jianchun
2
1 College of Agriculture, Hainan University, Haikou, 570228;
2 Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou, 571101
Corresponding author: jianchunguoh@163.com;
Authors
Abstract
Mabinlin is the uni
Ⅱ
que plant sweet protein in China, and it has the best thermal stability of the seven plant sweet
proteins which have been known today. Mabinlin
Ⅱ
may has a promising market to be a new food sweetener. Based on the amino
acid sequence of Mabinlin , the secon
Ⅱ
dary structure of it was predicted with the methods of Garnier-Robson and Chou-Fasman, and
the flexiblity of the backbone structure of it was predicted with the Karplus-Schulz method, and the hydrophobicity of it was
predicted with the Kyte-Doolittle method, and the possibility of surface area of it was predicted with the Emini method, the B-cell
epitopes of it was predicted with the Jameson-Wolf method. The results show that the structure of the A-chain of Mabinlin mostly
Ⅱ
consists of turns and random coils, and the 27~30 amino acid section from the N-terminal become a more flexible skeleton structure,
while the 4~6, 7~9, 10~11, 12~14, 20~22, 23~26 and 30~33 amino acid sections from the N-terminal are probably the key antigenic
sites. The structure of the B-chain of Mabinlin mostly consists of β
Ⅱ
-sheet and turn regions, and the 0~7, 9~13, 28~29, 33~34, 40~45,
53~54 and 55~57 amino acid sections from the N-terminal may be the key antigenic sites. The bioinformatics analysis of this protain
may provide a reference for the design of polyclonal antibody against the Mabinlin which would be used to detect the expression
Ⅱ
of Mabinlin in different bioreactors.
Ⅱ
Keywords
Plant sweet protein; Mabinlin II; Secondary structure; B cell epitopes
植物甜蛋白是指自然界中存在的具有甜味或可 以引起甜味产生的蛋白质，它们通常来源于热带植物