巩鹏涛等：蛋白质基因组学研究中的质谱仪与生物信息学方法
Copyright © 2015 BioPublisher Jisuan Fenzi Shengwuxue | Vol.4 | No.1 | 1–12
表
2
蛋白质基因组学研究分析工具列表
Table 2 List of tools for proteogenomic research
软件名称
描述
程序语言
图形用户
界面
得分系统
平台
适用对象
参考文献
GenoSuite
可使用多种搜索算法进行质谱数据分析，并将结果整合用于原核生物基因
组注释改进的原核生物蛋白质基因组学分析流程
Perl
Yes
OMSSA
X!Tandem
InsPecT MassWiz
Windows
Linux
原核生物
Kumar et al., 2013
iPiG
将肽谱匹配整合入基因组阅览器实现可视化
Java
Yes
NO
Windows
Linux
真核生物
原核生物
Kuhring and
Renard, 2012
PepLine
高通量的直接将串联质谱数据定位回其基因组序列的流程软件
Java C
Yes
Taggor PSTs
Mac
真核生物
原核生物
Ferro et al., 2008
Peppy
可以方便进行基因组六码框搜索的肽段鉴定软件
Java
NO
P-value [29] Morpheus
[30]
Windows
Linux Mac
真核生物
原核生物
Risk et al., 2013b
PGP
适用于消息传递接口集群，高通量的批处理集群和多核工作站的并行原核
生物蛋白质基因组学流程工具
Python
NO
InsPecT PepNovo
MSGF
Linux
原核生物
Tovchigrechko et
al., 2014
PMT
将肽段定位或其来源基因组
Java
Yes
Aho-Corasick
字符串搜
索算法
Windows
Linux Mac
真核生物
原核生物
Sanders et al., 2011
VESPA
整合蛋白质组和转录组数据来改进原核生物基因组注释的工具
Java
Yes
NO
Windows
Linux
原核生物
Peterson et al., 2012
PG Nexus
将下一代测序产生的基因组和转录组数据与蛋白质质谱产生的蛋白质组数
据进行整合的软件包
Java
NO
Mascot
Linux
真核生物
原核生物
Pang et al., 2014
ProteoAnnotator
开源的并且支持蛋白质组学标准计划的标准化数据格式用于肽和蛋白质的
鉴定的蛋白质基因组学注释分析流程软件
Java
Yes
OMSSA X!Tandem
MSGF+ MS-Amanda
Linux
Windows
真核生物
原核生物
Ghali et al., 2014
GAPP
全自动的用于从串联质谱进行人类肽段可信度鉴定的软件
NO
NO
X!Tandem Mascot
Linux
真核生物
Shadforth et al.,
2006
GenoMS
整合了数据库搜索
de novo
肽段鉴定的蛋白质基因组学工具
NO
NO
InsPecT
Linux
真核生物
原核生物
Castellana et al.,
2010
Galaxy-P
基于
Galaxy
框架的灵活易操作的蛋白质基因组需分析流程工具
Base on
Galaxy
Yes
ProteinPilot X!Tandem
Windows
Linux
真核生物
原核生物
Jagtap et al., 2014
SearchGUI
整合多个搜索算法的并拥有良好图像化用户参数设置界面的开源的蛋白质
组鉴定搜索引擎
Java
Yes
X!Tandem
MS-GF+
MS-Amanda MyriMatch
Comet OMSSA
Windows
Linux Mac
真核生物
原核生物
Vaudel et al., 2011
Neosi
适于大及复杂基因组真核生物蛋白质基因组学分析套件
Java
Python
NO
MS-GF+ or Others
Windows
Linux Mac
真核生物
原核生物
Castellana et al.,
2014
Bacterial
Proteogenomic
Pipeline
可将不同实验条件下鉴定得到的肽段可视化比较的细菌的蛋白质基因组分
析流程
Java
Yes
NO
Windows
Linux Mac
真核生物
Uszkoreit et al.,
2014
