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何建文等
, 2011, 48
个辣椒地方品种
SSR
和
SRAP
标记的遗传多样性和指纹分析
,
分子植物育种
Vol.9 No.30 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0030)
1223
份
)
，省外
6
份
(
四川
2
份、海南
1
份、广西
1
份、
吉林
1
份、陕西
1
份
)
。
第Ⅴ类
18
个品种：
FGYTJ14
、
ZYDYZ
、
Z042124A1
、
Z042180E
、
DSXJ1
、
HPXJ1
、
Z042137D
、
Z052204
、
Z042102E
、
FGYTJ13
、
Z0430292
、
Z042110D
、
Z042154E
、
DFXJ
、
HPXJ
、
Z043019
、
Z041051
、
JH1
；按果型含线型
6
份、指型
6
份、圆
球型
2
份、锥型
2
份、羊角型
2
份；按原产地含贵
州
17
份
(
黄平
5
份、遵义
3
份、独山
3
份、凤岗
2
份，兴义
2
份、剑河
1
份、大方
1
份
)
，四川
1
份。
图
5 48
个辣椒品种
15
个
SSR
标记位点和
11
对
SRAP
引物
PCR
扩增位点的聚类图
Figure 5 The dendrogram of the 48 local capsicum varieties
based on the 15 SSR markers and loci PCR amplified with 11
pairs of SRAP primers
1.2.4
聚类结果的比较分析
总体看来，
SSR
和
SRAP
标记的聚类结果大致
相同，可把大部分品种聚在一起；
SRAP
和
SSR+
SRAP
标记的聚类结果更为相近。但是，
SSR
聚类
把线型椒和指型椒、羊角型椒和牛角型椒聚为一大
类，而
SRAP
和
SSR+SRAP
却将绝大多数线型椒和
指型椒聚为一类、羊角型椒和牛角型椒聚为一类。
这与
SSR
和
SRAP
标记检测的位点及其数量有关。
从辣椒果型聚类分析结果可以看出：锥型椒和
圆球型椒分布在各类群中，表明它们的遗传差异比
较复杂，与果型没有密切关系；灯笼型椒和羊角型
椒、牛角型椒可聚为一类，表明它们之间的遗传差
异较小，亲缘关系较近；大部分线型椒和指型椒聚
为一类，羊角型椒和牛角型椒聚为一类，表明其两
两之间具有较近的亲缘关系。
从地理来源聚类分析结果可以看出，
SSR
、
SRAP
和
SSR+SRAP
都能较好的把大多数来自省外
的品种聚为一类，如
SRAP
和
SSR+SRAP
聚类的第
Ⅳ类中，
10
个品种有
6
个来自外省；
SSR
聚类的第
Ⅲ类第
1
亚类和第
3
亚类中都有
4
个品种来自外省，
可见，
SSR
、
SRAP
和
SSR+SRAP
的分子分类与地
理来源之间有一定的关联。
1.3 48
个辣椒地方品种的
DNA
指纹图谱分析
1.3.1 SSR
标记和
SRAP
标记的数字化指纹图谱
将
48
个辣椒地方品种的
SSR
和
SRAP
标记电泳图
谱同一位置上谱带的无带和有带转化成由
0
、
1
组成
的数字图谱，各品种分别可由一串不同的数字号码
代表，从而建成参试品种的数字化指纹图谱
(
表
3,
表
4)
。根据遗传学和概率论原理，出现与
15
个
SSR
标记指纹完全相同的概率为
1.135×10
-13
，与
11
对
SRAP
引物
PCR
扩增位点指纹完全相同的概率为
1.26×10
-29
。可见，无论是
SSR
标记指纹图谱还是
SRAP
标记指纹图谱，均可用于鉴别上述
48
个品种，
尤以
SRAP
标记指纹的鉴别效果为优。
1.3.2 SSR
标记和
SRAP
标记的鉴别能力分析
用每个标记的指纹数据分别作聚类分析，设定
品种间遗传距离大于零者，为该标记可鉴别的品
种，则：单个
SSR
标记，均不能独立鉴别
48
个参
试品种，鉴别品种数分别在
5~24
个之间，以标记
Hpms2-21
鉴别份数最多，标记
CB164897
鉴别份数