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饶龙兵
, 2011,
冷杉基因组
DNA
遗传标记芯片的构建与分析
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.101 pp.1726-1734 (doi: 10.5376/mpb. cn.2011.09.0101)
1731
表
1
冷杉遗传标记芯片质量参数表
Table 1 The table of qualitative parameters of microarray slides
冷杉样
品名称
2
种颜
色标记
芯片片号与
检测通道
样点基本比率相关
系数
样点均值比率
相关系数
样点中值比率相
关系数
检测通道平均信
噪比
参考通道平均信
噪比
Sample Target Slide
The basic rate of
sample correlation
coefficient
Sample mean
correlation
coefficient
Sample median
ratio correlation
coefficient
Sample median
ratio correlation
coefficient
Reference channel
average SNR
fa16
fa16
1
-
543
0.941
0.946
0.931
27.666
89.497
fa16
1
-
633
0.940
0.946
0.930
32.288
89.497
fa9
fa9
2
-
543
0.970
0.975
0.958
24.432
84.494
fa9
2
-
633
0.968
0.974
0.957
30.165
84.494
fa6
fa6
3
-
543
0.976
0.984
0.965
24.888
84.166
fa6
3
-
633
0.976
0.983
0.969
32.827
84.166
fa5
fa5
4
-
633
0.964
0.973
0.951
27.832
77.783
fa5
4
-
543
0.968
0.975
0.956
26.567
77.783
fa26
fa26
5
-
543
0.963
0.969
0.949
26.978
92.024
fa26
5
-
633
0.949
0.958
0.932
22.225
92.024
fa3
fa3
6
-
633
0.968
0.976
0.957
24.379
79.017
fa3
6
-
543
0.972
0.978
0.958
24.152
79.017
fa2
fa2
7
-
543
0.889
0.895
0.876
27.079
87.871
fa2
7
-
633
0.884
0.888
0.866
20.786
87.871
fa4
fa4
8
-
543
0.953
0.961
0.942
23.638
79.875
fa4
8
-
633
0.950
0.960
0.941
24.199
79.875
图
5 8
试测样品遗传亲源关系图
Figure 5 The genetic distance of eight samples
(
A. yuanpaoshanensis
)
，取自广西元宝山；梵净山冷
杉
(
A. fanjinshanensis
)
，取自贵州梵净山；百山祖冷
杉
(
A. besganzuensis
)
，取自浙江庆元百山祖；资源
冷杉
(
A. ziyuanensis
)
，取自广西资源县、和大院冷杉
(
A. dayuanensis
)
，取自湖南炎陵；以及日本冷杉
(
A.
firma S.et
)
，取自江西庐山等。除日本冷杉来源人工
引种林外，其它几种冷杉均来自该种冷杉天然野生
群体。
提取方法：①取粉末
0.3 g
；②在
10 mL
离心管
中加
3 mL EB
，
100 μL β
－巯基乙醇，涡旋混匀后，
在
5 000 g
离心力下离心
10 min(
室温
)
，去上清液；
③再加入
1 mL EB
，
2 mL LB
和
200 μL 5% Sarkosyl
，
颠倒离心管，混匀；④
60
℃恒温水浴
1.5 h
，水浴
期间摇动离心管
3~4
次；⑤加入
24
：
1
的氯仿：异
戊醇
3 mL
，混匀静置
10 min
；再
5 000 g
室温离心
10 min
；⑥将上清液转于新的离心管中，重复操作
步骤⑤、⑥一次；⑦向上清液中加入
2
倍体积的
-
20
℃无水乙醇，然后轻轻颠倒离心管，混匀，静
置
15 min
，自然沉淀，去上清。⑧向沉淀中加入
2 mL
-
20
℃
70%
乙醇，轻轻震荡，使
DNA
重悬于乙醇
中。接着将重悬液转入
2.5 mL
离心管，
500 rpm
离
心
10 s
，去上清。⑨最后将离心管斜放于离心架上，
自然风干后加
TE
保存；实验中
EB
配方为
(500 mL)
：
ph 8.0 100 mmol/L Tris-Hcl
；
ph 8.0 50 mmol/L EDTA
；
灭菌，使用前加
2.0 g
亚硫酸氢钠，及
10 g PVP
，
31.88 g
山梨醇；
LB
配方为
(500 mL)
：
ph 8.0 200 mmol/L
Tris-Hcl
、
ph 8.0 50mmol/L EDTA
、
58.45 g NaCl
、
15 g CTAB
；
TE
配方为：
ph 8.0 10 mmol/L Tris-Hcl
、
ph 8.0 1 mmol/L EDTA
。
DNA
纯度与完整性检测方法：基因组
DNA
纯
度检测：
DNA
样品按
30
倍稀释后，在
260 nm
和